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Alex Bateman

Alexander George Bateman es biólogo computacional y director de recursos de secuencias de proteínas en el Instituto Europeo de Bioinformática (EBI) , parte del Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL) en Cambridge, Reino Unido. [2] [11] Ha liderado el desarrollo de la base de datos biológica Pfam [12] y ha presentado la base de datos Rfam de familias de ARN . También ha participado en el uso de Wikipedia para la anotación comunitaria de bases de datos biológicas. [13] [14] [15] [16] [17]

Educación

Bateman recibió una licenciatura en Ciencias en Bioquímica de la Universidad de Newcastle en 1994. Recibió su doctorado de la Universidad de Cambridge en 1997, por una investigación supervisada por Cyrus Chothia en el Laboratorio de Biología Molecular (LMB) del MRC [18] [19] [20] sobre la evolución de la superfamilia de proteínas de inmunoglobulina . [21] [22] Durante este tiempo, también trabajó con Sean Eddy para descubrir nuevos dominios de proteínas utilizando el software HMMER . [23]

Carrera e investigación

En 1997, Bateman se incorporó al Instituto Sanger del Wellcome Trust para dirigir el desarrollo de la base de datos biológica Pfam . En 2003, presentó la base de datos Rfam de familias de ARN. [9] [23] También participó en la provisión de análisis de proteínas para la publicación del genoma humano. [23] [24]

Desde 2012 es Jefe de Recursos de Secuencia de Proteínas en EMBL-EBI. [25]

Bateman también ha participado en la promoción del uso de Wikipedia dentro de la comunidad científica [26] y, en particular, la anotación comunitaria de bases de datos biológicas a través de Wikipedia, por ejemplo, la anotación de la base de datos Rfam a través de WikiProject RNA . [27]

Bateman se desempeñó como editor ejecutivo de la revista Bioinformatics de 2004 a 2012 y también se desempeñó como editor de Nucleic Acids Research , Genome Biology y Current Protocols in Bioinformatics . [5] [6] En 2014, fue designado uno de los primeros editores honorarios de Bioinformatics . [28] A partir de 2015, Bateman también forma parte de la Junta Directiva de ISCB. [29]

Premios y honores

Bateman recibió el premio Benjamin Franklin 2010 en bioinformática. [30] [31] Se convirtió en el tercer ex miembro del laboratorio de Richard Durbin en ganar el premio, después de Sean Eddy y Ewan Birney . [30] [3] Bateman fue elegido miembro de la ISCB en 2017 por la Sociedad Internacional de Biología Computacional . [1] [32]

Alex Bateman (izquierda) y Cyrus Chothia (derecha), en la conferencia ISMB en Dublín en 2015

Referencias

  1. ^ ab Anon (2017). "ISCB Fellows". iscb.org . Sociedad Internacional de Biología Computacional . Archivado desde el original el 20 de marzo de 2017.
  2. ^ Publicaciones de Alex Bateman indexadas por Google Scholar
  3. ^ ab Chakradhar, Shraddha (2012). "Heng Li reconoce el pedigrí de Durbin al aceptar el premio Franklin". bio-itworld.com. Archivado desde el original el 30 de marzo de 2013.
  4. ^ Alex Bateman en la Biblioteca del Congreso
  5. ^ ab "Alex Bateman: Líder del equipo sénior de recursos de secuencias de proteínas y líder del grupo de investigación Bateman Research Group". Uniprot.org. Archivado desde el original el 16 de marzo de 2015.
  6. ^ de "Alex Bateman Publons". Publons.com. Archivado desde el original el 16 de marzo de 2015.
  7. ^ Bateman, A.; Coin, L.; Durbin, R .; Finn, RD; Hollich, V.; Griffiths-Jones, S.; Khanna, A.; Marshall, M.; Moxon, S.; Sonnhammer, EL; Studholme, DJ; Yeats, C.; Eddy, SR (2004). "Base de datos de familias de proteínas Pfam". Nucleic Acids Research . 32 (Número de base de datos): 138D–1141. doi :10.1093/nar/gkh121. ISSN  0305-1048. PMC 308855 . PMID  14681378.  Icono de acceso abierto
  8. ^ Sammut, SJ; Finn, RD; Bateman, A (2008). "Pfam 10 años después: 10.000 familias y seguimos creciendo". Briefings in Bioinformatics . 9 (3): 210–9. doi : 10.1093/bib/bbn010 . PMID  18344544.
  9. ^ ab Griffiths-Jones, S; Bateman, A; Marshall, M; Khanna, A; Eddy, SR (2003). "Rfam: una base de datos de familias de ARN". Investigación de ácidos nucleicos . 31 (1): 439–41. doi :10.1093/nar/gkg006. PMC 165453 . PMID  12520045. 
  10. ^ Griffiths-Jones, S; Grocock, RJ; Van Dongen, S; Bateman, A; Enright, AJ (2006). "MiRBase: secuencias de microARN, objetivos y nomenclatura génica". Nucleic Acids Research . 34 (número de la base de datos): D140-4. doi :10.1093/nar/gkj112. PMC 1347474 . PMID  16381832. 
  11. ^ Alex Bateman en el servidor de bibliografía DBLP
  12. ^ Finn, RD; Mistry, J.; Schuster-Böckler, B.; Griffiths-Jones, S.; Hollich, V.; Lassmann, T.; Moxon, S.; Marshall, M.; Khanna, A.; Durbin, R.; Eddy, SR; Sonnhammer, EL; Bateman, A. (enero de 2006). "Pfam: clanes, herramientas web y servicios" (Texto completo gratuito) . Nucleic Acids Research . 34 (Número de base de datos): D247–D251. doi :10.1093/nar/gkj149. ISSN  0305-1048. PMC 1347511. PMID  16381856 . 
  13. ^ Logan, DW; Sandal, M.; Gardner, PP; Manske, M .; Bateman, A. (2010). "Diez reglas simples para editar Wikipedia". PLOS Computational Biology . 6 (9): e1000941. Bibcode :2010PLSCB...6E0941L. doi : 10.1371/journal.pcbi.1000941 . PMC 2947980 . PMID  20941386.  Icono de acceso abierto
  14. ^ "Grupo Bateman < Investigación < EMBL-EBI". Instituto Europeo de Bioinformática. Archivado desde el original el 1 de octubre de 2013.
  15. ^ Publicaciones de Alex Bateman de Europa PubMed Central
  16. ^ Publicaciones de Alex Bateman indexadas en la base de datos bibliográfica Scopus . (requiere suscripción)
  17. ^ Burge, S.; Attwood, T. K .; Bateman, A.; Berardini, TZ; Cherry, M.; O'Donovan, C.; Xenarios, L.; Gaudet, P. (2012). "Biocuradores y biocuración: un estudio de los desafíos del siglo XXI". Base de datos . 2012 : bar059. doi :10.1093/database/bar059. PMC 3308150 . PMID  22434828. 
  18. ^ "Valores familiares – Personas – EMBO". 8 de junio de 2021. Consultado el 14 de julio de 2023 .
  19. ^ Bateman, A; Eddy, SR ; Chothia, C (1996). "Miembros de la superfamilia de inmunoglobulinas en bacterias". Protein Science . 5 (9): 1939–41. doi :10.1002/pro.5560050923. PMC 2143528 . PMID  8880921. 
  20. ^ Bateman, A; Jouet, M; MacFarlane, J; Du, JS; Kenwrick, S; Chothia, C (1996). "Estructura general de la molécula de adhesión celular L1 humana y los sitios donde las mutaciones causan trastornos neurológicos". The EMBO Journal . 15 (22): 6050–9. doi :10.1002/j.1460-2075.1996.tb00993.x. PMC 452426 . PMID  8947027. 
  21. ^ Bateman, Alexander George (1997). Evolución de la estructura y función de la superfamilia de inmunoglobulinas. ethos.bl.uk (tesis doctoral). Universidad de Cambridge. OCLC  879391333.
  22. ^ Bateman, A; Murzin, AG; Teichmann, SA (1998). "Estructura y distribución de repeticiones de pentapéptidos en bacterias". Protein Science . 7 (6): 1477–80. doi :10.1002/pro.5560070625. PMC 2144021 . PMID  9655353. 
  23. ^ abc «Página de archivo: Dr. Alex Bateman - Wellcome Trust Sanger Institute». Wellcome Trust Sanger Institute. Archivado desde el original el 13 de octubre de 2014.
  24. ^ Lander, Eric S.; et al. (15 de febrero de 2001). "Secuenciación inicial y análisis del genoma humano". Nature . 409 (6822): 860–921. doi : 10.1038/35057062 . hdl : 2027.42/62798 . PMID  11237011.
  25. ^ "Alex Bateman < Personas y grupos < Acerca de nosotros < EMBL-EBI". EBI. Archivado desde el original el 1 de octubre de 2013.
  26. ^ Bateman, Alex (2012). «Por qué los científicos deberían publicar en Wikipedia». Wired UK . Archivado desde el original el 9 de julio de 2012.
  27. ^ Daub, J.; Gardner, PP; Tate, J.; Ramsköld, D.; Manske, M .; Scott, WG; Weinberg, Z.; Griffiths-Jones, S.; Bateman, A. (2008). "El RNA WikiProject: Anotación comunitaria de familias de ARN". ARN . 14 (12): 2462–2464. doi :10.1261/rna.1200508. PMC 2590952 . PMID  18945806. 
  28. ^ Anónimo (2014). "15 años de "Bioinformática"". Bioinformática . 30 (6): 747. doi : 10.1093/bioinformatics/btu076 . PMID  24642573.
  29. ^ "Directivos y Junta Directiva de la ISCB". Sociedad Internacional de Biología Computacional. Archivado desde el original el 24 de julio de 2014.
  30. ^ ab "Alex Bateman gana el premio Benjamin Franklin 2010 - Bio-IT World". www.bio-itworld.com. Archivado desde el original el 14 de agosto de 2012.
  31. ^ "¡Alex gana el premio Benjamin Franklin!". Blog de Xfam. Abril de 2010. Archivado desde el original el 28 de abril de 2010.
  32. ^ "13 de febrero de 2017: La Sociedad Internacional de Biología Computacional nombra a siete miembros como la Clase de Becarios ISCB de 2017". www.iscb.org . Consultado el 13 de febrero de 2017 .