Motivo proteico corto que forma un dominio solenoide
La repetición WD40 (también conocida como repetición WD o de beta-transducina ) es un motivo estructural corto de aproximadamente 40 aminoácidos , que a menudo termina en un dipéptido triptófano - ácido aspártico (WD). [2] Las copias en tándem de estas repeticiones generalmente se pliegan juntas para formar un tipo de dominio de proteína solenoide circular llamado dominio WD40 .
Estructura
Las proteínas que contienen el dominio WD40 tienen de 4 a 16 unidades repetidas, todas las cuales se cree que forman una estructura de hélice beta circularizada (ver figura a la derecha). [3] [4] El dominio WD40 está compuesto de varias repeticiones, una región variable de alrededor de 20 residuos al principio seguida de un conjunto repetido de residuos más común. Estas repeticiones suelen formar una lámina o cuchilla beta antiparalela de cuatro hebras. Estas cuchillas se unen para formar una hélice, siendo la más común una hélice beta de 7 cuchillas. Las cuchillas se entrelazan de modo que la última hebra beta de una repetición se forma con las primeras tres de la siguiente repetición para formar la estructura de cuchilla 3D.
Función
Las proteínas repetidas WD40 son una gran familia que se encuentra en todos los eucariotas y están implicadas en una variedad de funciones que van desde la transducción de señales y la regulación de la transcripción hasta el control del ciclo celular , la autofagia y la apoptosis . [5] La función común subyacente de todas las proteínas repetidas WD40 es coordinar conjuntos de complejos de múltiples proteínas, donde las unidades repetidas sirven como un andamiaje rígido para las interacciones de proteínas. La especificidad de las proteínas está determinada por las secuencias fuera de las propias repeticiones. Ejemplos de tales complejos son las proteínas G (la subunidad beta es una hélice beta), el factor de transcripción TAFII y la ligasa de ubiquitina E3 . [3] [4]
Ejemplos
Según el análisis inicial del genoma humano, las repeticiones WD40 constituyen la octava familia de proteínas más grande. En total, se identificaron 277 proteínas que las contienen. [6] Los genes humanos que codifican proteínas que contienen este dominio incluyen:
- AAAS , AAMP , AHI1 , AMBRA1 , APAF1 , ARPC1A , ARPC1B , ATG16L1 ,
- BOP1 , BRWD1 , BRWD3 , BTRC , BUB3 ,
- C6orf11, CDC20 , CDC40 , CDRT1, CHAF1B , CIAO1 , CIRH1A , COPA , COPB2 , CORO1A , CORO1B , CORO1C , CORO2A , CORO2B, CORO6 , CORO7, CSTF1 ,
- DDB2 , DENND3, DMWD , DMXL1, DMXL2 , DNAI1 , DNAI2 , DNCI1, DTL , DYNC1I1 , DYNC1I2 , EDC4,
- EED , EIF3S2, ELP2 , EML1 , EML2, EML3, EML4 , EML4-ALK, EML5, ERCC8 ,
- FBXW10 , FBXW11 , FBXW2 , FBXW4 , FBXW5 , FBXW7 , FBXW8 , FBXW9, FZR1 ,
- GBL, GEMIN5 , GNB1 , GNB1L , GNB2 , GNB2L1 , GNB3 , GNB4 , GNB5 , GRWD1 , GTF3C2 ,
- HERC1 , HIRA , HZGJ,
- IFT121, IFT122, IFT140 , IFT172, IFT80 , IQWD1,
- KATNB1 , KIAA1336, KIF21A , KIF21B , KM-PA-2,
- KEAP1 ,
- LLGL1 , LLGL2, LRBA , LRRK1 , LRRK2 , LRWD1, LYST ,
- MAPKBP1, MED16 , MORG1,
- NBEA, NBEAL1 , NEDD1 , NLE1 , NSMAF, NUP37 , NUP43 , NWD1 ,
- PAAF1 , PAFAH1B1 , PAK1IP1 , PEX7 , PHIP, PIK3R4 , PLAA , PLRG1 , PPP2R2A , PPP2R2B , PPP2R2C , PPP2R2D , PPWD1, PREB , PRPF19 , PRPF4 , PWP1 , PWP2 ,
- RAE1 , RPTOR , RBBP4 , RBBP5 , RBBP7 , RFWD2 , RFWD3, RRP9 ,
- SCAP , SEC13 , SEC31A , SEC31B, SEH1L, SHKBP1, SMU1 , SPAG16, SPG, CORREA , STRN , STRN3 , STRN4 , STXBP5 , STXBP5L,
- TAF5 , TAF5L , TBL1X , TBL1XR1 , TBL1Y, TBL2, TBL3, TEP1 , THOC3, THOC6, TLE1 , TLE2 , TLE3 , TLE4 , TLE6, TRAF7, TSSC1 , TULP4, TUWD12,
- UTP15 , UTP18 ,
- ESPERA1, WDF3, WDFY1, WDFY2, WDFY3 , WDFY4, WDHD1 , WDR1 , WDR10, WDR11 , WDR12 , WDR13, WDR16, WDR17, WDR18, WDR19 , WDR20, WDR21A, WDR21C, WDR22, WDR23 , WDR24 , WDR25, DR26 , WDR27, WDR3 , WDR31, WDR32 , WDR33 , WDR34, WDR35, WDR36 , WDR37 , WDR38, WDR4 , WDR40A, WDR40B, WDR40C, WDR41, WDR42A, WDR42B, WDR43, WDR44 , WDR46 , WDR47 , WDR48, WDR49, WDR5 , WDR51A, WDR51B, WDR52, WDR53 , WDR54, WDR55, WDR57, WDR59 , WDR5B, WDR6, WDR60, WDR61, WDR62, WDR63 , WDR64, WDR65 , WDR66, WDR67, WDR68 , WDR7, WDR70 , WDR72 , WDR73, WDR74 , WDR75 , WDR76, WDR77 , WDR78, WDR79, WDR8 , WDR81, WDR82, WDR85, WDR86, WDR88, WDR89, WDR90 , WDR91, WDR92, WDSOF1, WDSUB1, WDTC1 , WSB1 , WSB2,
- ZFP106
Véase también
Referencias
- ^ PDB : 1erj ; Sprague ER, Redd MJ, Johnson AD, Wolberger C (junio de 2000). "Estructura del dominio C-terminal de Tup1, un correpresor de la transcripción en levadura". EMBO J . 19 (12): 3016–27. doi :10.1093/emboj/19.12.3016. PMC 203344 . PMID 10856245.
- ^ Neer EJ, Schmidt CJ, Nambudripad R, Smith TF (septiembre de 1994). "La antigua familia de proteínas reguladoras de las proteínas con repetición WD". Nature . 371 (6495): 297–300. Bibcode :1994Natur.371..297N. doi :10.1038/371297a0. PMID 8090199. S2CID 600856.
- ^ ab Smith TF, Gaitatzes C, Saxena K, Neer EJ (mayo de 1999). "La repetición WD40: una arquitectura común para diversas funciones". Trends Biochem. Sci . 24 (5): 181–5. doi : 10.1016/S0968-0004(99)01384-5 . PMID 10322433.
- ^ ab Li D, Roberts R (diciembre de 2001). "Proteínas con repetición WD: características estructurales, función biológica y su participación en enfermedades humanas". Cell. Mol. Life Sci . 58 (14): 2085–97. doi :10.1007/PL00000838. PMC 11337334. PMID 11814058. S2CID 20646422 .
- ^ Stirnimann CU, Petsalaki E, Russell RB, Müller CW (mayo de 2010). "Las proteínas WD40 impulsan las redes celulares". Trends Biochem. Sci . 35 (10): 565–74. doi :10.1016/j.tibs.2010.04.003. PMID 20451393.
- ^ Lander ES, Linton LM, Birren B, et al. (febrero de 2001). "Secuenciación inicial y análisis del genoma humano" (PDF) . Nature . 409 (6822): 860–921. doi : 10.1038/35057062 . PMID: 11237011.
Enlaces externos
Este artículo incorpora texto de dominio público
de Pfam e
InterPro : IPR001680
