stringtranslate.com

Burkhard Rost

Burkhard Rost es un científico que dirige el Departamento de Biología Computacional y Bioinformática de la Facultad de Informática de la Universidad Técnica de Múnich (TUM) . [10] Rost preside la Sección de Estudios de Bioinformática de Múnich, que involucra a la TUM y a la Universidad Ludwig Maximilian de Múnich (LMU) en Múnich. De 2007 a 2014, Rost fue presidente de la Sociedad Internacional de Biología Computacional (ISCB). [3] [11] [12] [13] [14] [15] [16]

Carrera

Rost comenzó originalmente su carrera científica como físico teórico. Después de estudiar física en la Universidad de Giessen y física, historia, filosofía y psicología en la Universidad de Heidelberg , Rost recibió su doctorado en la Universidad de Heidelberg por su trabajo en el Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL) en 1994. [7] Después de las pasantías de investigación en EMBL y el Instituto Europeo de Bioinformática en Cambridge (Reino Unido), en 1998, se convirtió en profesor asistente en el Departamento de Bioquímica y Biofísica Molecular en el Colegio de Cirujanos y Médicos del Centro Médico CU de la Universidad de Columbia en la ciudad de Nueva York . En 2000, se convirtió en profesor asociado en la Universidad de Columbia y en 2009 aceptó un nombramiento para la Cátedra de Bioinformática en la Universidad Técnica de Múnich . Es miembro de la Academia de Ciencias de Nueva York y ha sido presidente de la ISCB, la Sociedad Internacional de Biología Computacional, de 2007 a 2014. En 2021 , Rost ha sido autor o coautor de más de 300 publicaciones científicas con un índice h de Google Scholar de 100. [3] [11] [12] [13]

Investigación

La investigación de Rost se ha centrado en combinar el aprendizaje automático y la información evolutiva para predecir aspectos de importancia crítica para avanzar en nuestra comprensión de la evolución, la estructura de las proteínas y la función de las proteínas. Entre los ejemplos de investigación llevada a cabo en su laboratorio se incluyen la predicción de la actividad enzimática (ECGO), los socios de interacción (ISIS, DISIS, PiNAT), la localización subcelular (LOCtree, LOCnet, PredictNLS), los efectos funcionales de las mutaciones puntuales/SNP (SNAP), las regiones desordenadas (MD, NORSnet, Ucon), los segmentos que atraviesan la membrana (PROF/PHDhtm), la estructura secundaria (PROF/PHD, RePROF, DSSPcont), [17] la accesibilidad a los disolventes (PROF/PHD, RePROF), los contactos internos residuo-residuo (PROFcon) y la agrupación de proteínas en familias (CHOP). [18]

Su enfoque actual se centra en predecir los efectos de mutaciones individuales, principalmente a nivel de cambios no sinónimos en regiones codificantes, es decir, cambios de un solo nucleótido (o polimorfismos de un solo nucleótido ) que alteran la secuencia de aminoácidos.

Su grupo se ha dedicado a hacer que sus herramientas estén disponibles en línea, como lo demuestra el primer servidor de Internet para la predicción de la estructura de proteínas y el análisis de secuencias, Predictprotein , [6] que se lanzó en 1992 y ha estado en servicio de forma continua desde entonces. El trabajo de Rost se ha publicado en importantes revistas científicas revisadas por pares , entre ellas Nature , [8] [19] [20] [21] Science , [22] PLOS Genetics . [23]

CISC

En 2007, Rost fue elegido presidente de la Sociedad Internacional de Biología Computacional (ISCB), en sustitución de Michael Gribskov . Rost ocupó el cargo hasta 2014; su sucesor fue Alfonso Valencia .

Conferencias

Rost ha copresidido la mayor reunión anual en biología computacional ISMB, Intelligent Systems for Molecular Biology , en 2007 ( Viena ), 2008 ( Toronto ), 2011 ( Viena ), 2012 ( Long Beach ). [24] Ha iniciado y participado en la organización de varias series de conferencias internacionales fuera del hemisferio norte habitual, a saber, ISCB África (2010: Bamako , Mali ; 2011: Ciudad del Cabo , Sudáfrica ; 2013: Túnez , Túnez ) en cooperación con la Sociedad Africana de Bioinformática y Biología Computacional , ISCB América Latina (2010: Montevideo , Uruguay ; 2012: Santiago de Chile , Chile ; 2014: Río de Janeiro , Brasil ), y más recientemente ISCB Asia (2011: Kuala Lumpur , Malasia ; 2012: Shen Zhen , China ). [25]

Rost también ha sido coorganizador de las reuniones de Evaluación Crítica de la Predicción de la Estructura de Proteínas (CASP) de 2002 a 2008 (CASP4-CASP8).

Premios y honores

En 2009, Rost recibió la cátedra de la Fundación Alexander von Humboldt. En 2015, fue nombrado miembro de la ISCB . [26] En 2016, recibió la distinción de Contribución Destacada a la ISCB. [25]

Referencias

  1. ^ Categoría:Miembros de la Sociedad Internacional de Biología Computacional
  2. ^ Radivojac, P.; Clark, WT; Orón, TR; Schnoes, AM; Wittkop, T.; Sokolov, A.; Graim, K.; Funk, C.; Verspoor, K.; Ben-Hur, A.; Pandey, G.; Yunes, JM; Talwalkar, AS; Repo, S.; Souza, ML; Piovesán, D.; Casadio, R.; Wang, Z.; Cheng, J.; Colmillo, H.; Gough, J.; Koskinen, P.; Törönen, P.; Nokso-Koivisto, J.; Holm, L.; Cozzetto, D.; Buchan, DWA; Bryson, K.; Jones, DT; et al. (2013). "Una evaluación a gran escala de la predicción computacional de la función de proteínas". Métodos de la naturaleza . 10 (3): 221–227. doi :10.1038/nmeth.2340. PMC 3584181.  PMID 23353650  .
  3. ^ abc Publicaciones de Burkhard Rost indexadas por Google Scholar
  4. ^ Rost, B.; Sander, C. (1994). "Combinación de información evolutiva y redes neuronales para predecir la estructura secundaria de las proteínas". Proteínas: estructura, función y genética . 19 (1): 55–72. doi :10.1002/prot.340190108. PMID  8066087. S2CID  15203189.
  5. ^ Rost, B.; Sander, C. (1993). "Predicción de la estructura secundaria de proteínas con una precisión superior al 70 %". Journal of Molecular Biology . 232 (2): 584–599. CiteSeerX 10.1.1.17.1418 . doi :10.1006/jmbi.1993.1413. PMID  8345525. 
  6. ^ abc Rost, B.; Yachdav, G.; Liu, J. (2004). "El servidor PredictProtein". Nucleic Acids Research . 32 (número del servidor web): W321–W326. doi :10.1093/nar/gkh377. PMC 441515 . PMID  15215403. 
  7. ^ abcRost , Burkhard (1994). Neuronale Netzwerke und Evolutionäre Información: verbesserte Vorhersage der Sekundärstruktur von Proteinen (tesis doctoral). Universidad de Heidelberg. OCLC  311916999.
  8. ^ ab Rost, B.; Sander, C. (1992). "El jurado decide sobre la predicción de la estructura". Nature . 360 (6404): 540. Bibcode :1992Natur.360..540R. doi : 10.1038/360540b0 . PMID  1281284. S2CID  4234785.
  9. ^ "Hochdotierte Humboldt-Professur für neuen TUM-Spitzenforscher" [Cátedra Humboldt altamente dotada para el nuevo investigador destacado de TUM] (en alemán). 15 de octubre de 2008 . Consultado el 21 de mayo de 2021 .
  10. ^ "¡Bienvenidos a Rostlab! | ROSTLAB.ORG". www.rostlab.org . Consultado el 21 de mayo de 2021 .
  11. ^ ab Burkhard Rost en el servidor de bibliografía DBLP
  12. ^ Publicaciones de Burkhard Rost indexadas por Microsoft Academic
  13. ^ Publicaciones de Burkhard Rost indexadas en la base de datos bibliográfica Scopus . (requiere suscripción)
  14. ^ Rost, B. (1999). "Zona de penumbra de alineamientos de secuencias de proteínas". Ingeniería de proteínas . 12 (2): 85–94. doi : 10.1093/protein/12.2.85 . PMID  10195279.
  15. ^ Bateman, A. ; Kelso, J.; Mietchen, D.; MacIntyre, G.; Di Domenico, TS; Abeel, T.; Logan, DW; Radivojac, P.; Rost, B. (2013). "Concurso de Wikipedia sobre biología computacional de la ISCB". PLOS Computational Biology . 9 (9): e1003242. Bibcode :2013PLSCB...9E3242B. doi : 10.1371/journal.pcbi.1003242 . PMC 3777890 . PMID  24068913. 
  16. ^ "Bienvenidos al Rostlab". rostlab.org. Archivado desde el original el 21 de diciembre de 2014.
  17. ^ Rost, B. (1996). "PHD: Predicción de la estructura unidimensional de proteínas mediante redes neuronales basadas en perfiles". Métodos informáticos para el análisis de secuencias macromoleculares . Métodos en enzimología. Vol. 266. págs. 525–539. doi :10.1016/s0076-6879(96)66033-9. ISBN 9780121821678. Número de identificación personal  8743704.
  18. ^ Liu, J.; Rost, B. (1 de julio de 2004). "CHOP: análisis de proteínas en dominios estructurales". Nucleic Acids Research . 32 (servidor web): W569–W571. doi : 10.1093/nar/gkh481 . PMC 441619 . PMID  15215452. 
  19. ^ Chen, YH; Hu, L.; Punta, M.; Bruni, R.; Hillerich, B.; Kloss, B.; Rost, B.; Love, J.; Siegelbaum, SA; Hendrickson, WA (2010). "Estructura homóloga del canal aniónico SLAC1 para el cierre de estomas en hojas". Nature . 467 (7319): 1074–1080. Bibcode :2010Natur.467.1074C. doi :10.1038/nature09487. PMC 3548404 . PMID  20981093. 
  20. ^ Cao, Y; Jin, X; Huang, H; Derebe, MG; Levin, EJ; Kabaleeswaran, V; Pan, Y; Punta, M; Con amor, J; Weng, J; Rápido, M; Sí; Kloss, B; Bruni, R; Martínez-Hackert, E; Hendrickson, Washington; Rost, B; Javitch, JA; Rajashankar, KR; Jiang, Y; Zhou, M (2011). "Estructura cristalina de un transportador de iones de potasio, TrkH". Naturaleza . 471 (7338): 336–40. Código Bib :2011Natur.471..336C. doi : 10.1038/naturaleza09731. PMC 3077569 . PMID  21317882. 
  21. ^ Cao, Y.; Jin, X.; Levin, EJ; Huang, H.; Zong, Y.; Quick, M.; Weng, J.; Pan, Y.; Love, J.; Punta, M.; Rost, B.; Hendrickson, WA; Javitch, JA; Rajashankar, KR; Zhou, M. (2011). "Estructura cristalina de un transportador de sacáridos acoplado a fosforilación". Nature . 473 (7345): 50–54. Bibcode :2011Natur.473...50C. doi :10.1038/nature09939. PMC 3201810 . PMID  21471968. 
  22. ^ Carninci, P; Kasukawa, T; Katayama, S; Gough, J ; Frith, MC; Maeda, N; Oyama, R; Ravasi, T; Lenhard, B; pozos, C; Kodzius, R; Shimokawa, K; Bajic, VB; Brenner, SE ; Batalov, S; Forrest, AR; Zavolán, M; Davis, MJ; Wilming, LG; Aidinis, V; Allen, JE; Ambesi-Impiombato, A; Apweiler, R ; Aturaliya, RN; Bailey, TL; Bansal, M; Baxter, L; Beisel, KW; Bersano, T; et al. (2005). "El panorama transcripcional del genoma de los mamíferos". Ciencia . 309 (5740): 1559–63. Código bibliográfico : 2005 Ciencia... 309.1559F. doi :10.1126/science.1112014. PMID  16141072. S2CID  8712839.
  23. ^ Liu, J.; Gough, J .; Rost, B. (2006). "Distinguir entre ARN codificantes de proteínas y ARN no codificantes mediante máquinas de vectores de soporte". PLOS Genetics . 2 (4): e29. doi : 10.1371/journal.pgen.0020029 . PMC 1449884 . PMID  16683024. 
  24. ^ Linial, M.; Mesirov, JP; Morrison Mckay, BJ; Rost, B. (2008). "ISMB 2008 Toronto". PLOS Computational Biology . 4 (6): e1000094. Bibcode :2008PLSCB...4E0094L. doi : 10.1371/journal.pcbi.1000094 . PMC 2427177 . PMID  18584023. 
  25. ^ ab "Contribución destacada al ISCB en 2016: Burkhard Rost". www.iscb.org . Consultado el 21 de mayo de 2021 .
  26. ^ "Conozca a los becarios de la ISCB de 2015". Sociedad Internacional de Biología Computacional. Archivado desde el original el 20 de febrero de 2015.

Enlaces externos