La primera versión fue montada al año siguiente en 1998, con la exhibición de diez películas con temática LGBT en el pequeño Cine Luna de Frauenfeld.
El festival fue lanzado en Zúrich cuando la ciudad fue sede de los Eurogames en el año 2000.
El programa que contemplaba en sus inicios siete presentaciones de siete películas tuvo un éxito rotundo, por lo que se tomó la decisión de permanecer en el vecino cantón de Zúrich y ciudad más poblada de Suiza, dada la gran demanda de público asistente al certamen, que provocó que el enfoque del festival se realice desde esta ciudad con la primera apertura de Pink Apple desde Zúrich en 2003.
Al mismo tiempo, el público asistente al evento realiza una votación para premiar la cinta más popular, otorgando el Premio Pink Apple del Público.
Desde 2008 se creó otro premio para elegir al mejor documental del certamen.