Tiene dos hermanos, Ana Lucía y Rodolfo Alliana Rodríguez; este último, ya fallecido.
La primera hija (Montserrat Alliana) la tuvo de su anterior relación con Nélida Encina Antola.
[6] Inició su carrera política primero como candidato a gobernador por el Partido Encuentro Nacional en la que perdió contra la ANR al que luego se afilió para postularse por el Partido Colorado (ANR-PC) como candidato a intendente de Pilar en 2006; perdió las elecciones y dos años más tarde, a la edad de 33 años y para las elecciones generales del 2008, se postuló para la gobernación del Departamento de Ñeembucú siendo elegido como gobernador, cargo que ejerció con naturalidad hasta el período correspondiente (2008-2012).
[10] Pedro Alliana fue señalado por presunto nepotismo debido a la presencia de varios familiares en cargos dentro del sector público paraguayo.
[12] En el marco de las investigaciones, ABC Color reveló que varios integrantes del «clan Alliana» obtuvieron sus títulos en la misma carrera (licenciatura en relaciones internacionales) y universidad (Universidad Autónoma San Sebastián) que Pedro Alliana.
[16] Alliana negó haber influido en el nombramiento de su hija[12] y sostuvo que otros familiares suyos ingresaron al sector público mediante concursos.