En 2001, adquirió Licorería Acosta y esta pasó a denominarse Bebidas del Paraguay, productora de los productos Pulp y Puro Sol, como además la representación de varias otras marcas internacionales.

En 2005 con motivo del centenario de la institución el estadio ubicado en el barrio Tuyucuá (barrio Las Mercedes, de Asunción) se remodeló totalmente y pasó a denominarse Estadio Dr. Nicolás Leoz, con una capacidad para 10 000 espectadores.

En marzo de 2011, en las elecciones para presidente del partido, resultó ganadora la senadora Lilian Samaniego, perteneciente a su movimiento.

Posteriormente se sumaron a su proyecto político, el Movimiento Progresista Colorado, liderado por el expresidente de Paraguay, Nicanor Duarte Frutos.

Irún reconoció la victoria de Cartes[9]​ y se puso a disposición del candidato del Partido Colorado, lo que fue fundamental para la unidad partidaria con miras a las elecciones.

Con Cartes, el Partido Colorado volvió al poder luego de cinco años (última vez en 2008), con una victoria del 45,83% (1.104.976 votos), por encima de sus principales rivales Efraín Alegre (Paraguay Alegre, con 37,09%), Mario Ferreiro (Avanza País, con 5.6%), entre otros.

El liderazgo de Cartes en el Partido Colorado ha sido fuertemente contestado por un amplio sector de la dirigencia tradicional que se considera desplazado y menospreciado por el presidente, quien daría mayor prioridad a su entorno empresarial.

Sin embargo, el presidente manifestó públicamente que no presentaría su candidatura para el periodo 2018-2023.

[21]​ Durante su presidencia, la economía, orientada en gran medida hacia la producción de soja, creció una media del 4%.

Sin embargo, el crecimiento económico no se ha traducido en una reducción de la pobreza.

[23]​[24]​[25]​[26]​ Su gabinete estuvo integrado por una mayoría de «técnicos»[27]​ formados en Estados Unidos e ideológicamente conservadores, con poca visibilidad en las filas tradicionales del Partido Colorado.

En 2008, fue sobreseído por la Corte Suprema de Justicia, lo que el Banco Central consideró inconstitucional.

Finalmente fue detenido en Uruguay en 2013, y procesado por tráfico internacional de drogas.

[59]​[60]​ Situación paradójica en un país en el cual la tenencia y ocupación ilegal de tierras ha sido un conflicto histórico.

[70]​ Según Marc Ostfield, embajador estadounidense, afirmó que durante más de una década, Cartes "aprovechó su riqueza adquirida ilegítimamente y su influencia para expandir su poder político y económico en las instituciones paraguayas".

UU, además, se impusieron sanciones específicas contra cuatro empresas controladas por Cartes: Tabacos USA Inc., Bebidas USA Inc., Dominicana Acquisition S.A., y Frigorífico Chajha S.A.E.