Su ubicación ha cambiado dos veces a lo largo de su historia, instalándose en 1963 en su sitio actual.[3] La colección de objetos relacionados con la historia naval estadounidense se considera una tradición, teniendo su origen a principios del siglo XIX.[3] El primer objeto en ser declarado oficialmente pieza de colección fue un arma francesa moldeada en Lyon en 1793 y capturada durante la Cuasi-Guerra.Su propietario, Thomas Tingey, fue primer comandante en jefe del Washington Navy Yard y futuro coleccionista de militaria naval.A partir de este modesto comienzo, la colección fue creciendo conforme la Armada estadounidense acumulaba experiencia en batallas navales, al mismo tiempo que exploraba las mares durante los primeros años de la república estadounidense.
Un
Ohka K-1
japonés
interceptado por la Armada estadounidense hacia finales de la Segunda Guerra Mundial