Durante ese tiempo, formó el Miembros Independientes del Parlamento Caucus (Клуб независних посланика у Народној Скупштини Републике Српске, Klub nezavisnih poslanika u Narodnoj Skupštini Republike Srpske), que constituyó la única oposición al Partido Democrático Serbio (Српска демократска странка,Srpska demokratska stranka) de Radovan Karadžić, que mantuvo la mayoría absoluta durante la guerra en el parlamento de la República Srpska.
En respuesta a esto, propuso un referéndum sobre la independencia de la República Srpska.
Dodik afirma que Bosnia y Herzegovina, como estado multiétnico, necesita un sofisticado sistema político que distribuya por igual el poder político, con el fin de proteger los derechos de sus ciudadanos y evitar que cualquiera de sus grupos étnicos domine a los demás.
Dodik alega además que la introducción de una simple democracia pluralista, con todo el país como una unidad electoral, llevaría al dominio del país por los bosnios, como ocurre actualmente en la Federación de Bosnia y Herzegovina.
El 22 de noviembre de 2017, y ante la noticia de la condena por la Tribunal Penal Internacional para la ex Yugoslavia (TPIY) a cadena perpetua de Ratko Mladić, Dodik calificó de «héroe» al condenado y también expresó que «a personas como él no los juzga un tribunal, sino la historia, y sólo ella dará la respuesta definitiva sobre quién es el general Mladić».
En otra parte de su declaración expresó que «no podemos influir en las sentencias, pero tampoco ellas pueden influir en nuestra memoria histórica y en los hechos históricos».