Su carrera comenzó en un tiempo de paz, con pocos servicios activos y una promoción lenta.
El Enterprise iba acompañado del Investigator y como primer teniente iba Robert McClure, que más adelante llegará a ser el primer hombre en franquear el Paso del Noroeste.
McClintock ha sido descrito por el historiador Sir Clements Robert Markham, como un hombre que tenía en ese momento "un cuerpo bajo, delgado, pero nervioso y musculoso bien equipado para resistir esfuerzos y penurias por largo tiempo.
"[3] En ese reconocimiento en trineo McClintock aprendió mucho del veterano Ross, que a su vez había aprendido de los inuit y era uno de los pocos oficiales ingleses que tenía experiencia con trineos.
En los cuatro años siguientes, su sistema permitió que las expediciones descubrieran vastas zonas desconocidas del archipiélago ártico canadiense.
(El transporte con trineo se mantuvo en la Royal Navy en el ártico y la Antártida hasta la muerte del capitán Robert Falcon Scott en su intento de alcanzar el Polo Sur).
Al año siguiente participó en una nueva y desastrosa expedición de búsqueda dirigida por Edward Belcher, la más importante ya que comprendía cinco barcos.
En 1857, se le dio el mando del barco Fox, patrocinado por suscripción pública via Lady Jane Franklin para la búsqueda de su marido.