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David T. Jones (bioquímico)

David Tudor Jones FRS (nacido en 1966) [2] es profesor de bioinformática y jefe del grupo de bioinformática en el University College de Londres . [3] También es director del Centro Bloomsbury de Bioinformática, que es un centro de investigación conjunto entre UCL y Birkbeck, Universidad de Londres y que también proporciona formación en bioinformática y servicios de apoyo a investigadores biomédicos. En 2013, es miembro de los consejos editoriales de PLoS ONE , BioData Mining , Advanced Bioinformatics , Chemical Biology & Drug Design y Protein: Structure, Function and Bioinformatics . [ cita requerida ]

Educación

Jones estudió en el Imperial College de Londres, donde obtuvo una licenciatura en Ciencias en Física . [ ¿cuándo? ] [ cita requerida ] Se trasladó al King's College de Londres para completar una maestría en Ciencias en Bioquímica [ ¿cuándo? ] seguido por el University College de Londres , donde obtuvo un doctorado en 1993 [4] por una investigación supervisada por William R. Taylor y Janet Thornton . [ cita requerida ]

Investigación y carrera

Los principales intereses de investigación de Jones [1] son ​​la predicción y el análisis de la estructura de las proteínas , el plegamiento de proteínas , el análisis de proteínas transmembrana , las aplicaciones de aprendizaje automático en bioinformática y el análisis del genoma, incluida la aplicación de agentes de software inteligentes. [5] Ha sido consultor de varias empresas diferentes, incluida GlaxoSmithKline , pero su principal experiencia en la industria fue como cofundador de Inpharmatica Limited, [2] que se fundó en 1998 como una escisión corporativa de University College London. La empresa utilizó una combinación de bioinformática y quimioinformática para observar las relaciones entre la estructura y la función de las proteínas, y la unión de grupos químicos a estas proteínas, lo que llevó al descubrimiento de nuevos fármacos. [ cita requerida ]

ENHEBRADOR

THREADER proporciona un método [6] conocido popularmente como reconocimiento de pliegues de proteínas ( threading ), un método de modelado de proteínas que se utiliza para modelar aquellas proteínas que tienen el mismo pliegue que las proteínas de estructuras conocidas. La entrada es una secuencia de aminoácidos con una estructura proteica desconocida, luego THREADER generará una estructura proteica más probable para esta secuencia. El grado de compatibilidad entre la secuencia y la estructura propuesta se evalúa por medio de un conjunto de potenciales empíricos derivados de proteínas de estructuras conocidas.
Este trabajo fue precedido por David Baker y sus colegas, quienes llevaron la idea de THREADER más allá en la forma del método Rosetta que tiene un gran impacto en el campo.

MEMSAT

MEMSAT [7] es un método para predecir las posiciones de los segmentos de hélice transmembrana basado en el reconocimiento de los modelos topológicos de las proteínas. El método utiliza un conjunto de tablas estadísticas derivadas de datos de proteínas de membrana bien caracterizados, y tenemos un algoritmo de programación dinámica para reconocer los modelos de topología de membrana maximizando la expectativa. Dado que MEMSAT se creó originalmente en 1994, desencadenó muchas mejoras en la predicción de la estructura secundaria. La versión más reciente es MEMSAT3, [8] lanzada en 2007. Utiliza una red neuronal para determinar las ubicaciones de los residuos en el lado citoplasmático de la membrana o en las hélices transmembrana.

Base de datos CATH

Jones participó en la etapa inicial del desarrollo de la base de datos CATH , junto con Christine Orengo y Janet Thornton [9], que es una clasificación jerárquica de dominios de estructuras de proteínas en el Protein Data Bank , donde los 4 niveles principales de la jerarquía son: Clase, Arquitectura, Topología y Superfamilia homóloga. La base de datos CATH emplea una combinación de técnicas automáticas y manuales. [10] [11]

GenTHREADER

GenTHREADER [12] es una herramienta más rápida y potente para el reconocimiento de plegamientos de proteínas, que se puede aplicar tanto a secuencias de proteínas completas como individuales. El método utiliza un algoritmo de alineamiento de secuencias tradicional para generar alineamientos, y luego el alineamiento se evaluará mediante técnicas de enhebrado. Como último paso, cada modelo será evaluado por una red neuronal para producir una medición del nivel de confianza en la predicción propuesta. La aparición de GenTHREADER ha permitido una serie de trabajos de mejora. [13] Hasta ahora, [ ¿cuándo? ] hay varios métodos mejorados disponibles: mGenTHREADER, pDomTHREADER y pGenTHREADER. [14] [15]

PSIPRED

Se trata de un servidor que agrupa varios métodos de predicción de estructuras. Incluye el método recientemente implementado también conocido como PSIPRED (Predict Secondary Protein Structure), una técnica para la predicción de la estructura secundaria de las proteínas, y las otras técnicas Predict Transmembrane Topology (MEMSAT3) y Fold Recognition (GenTHREADER). Los usuarios envían una secuencia de proteínas, realizan cualquier predicción de interés y reciben los resultados por correo electrónico. [16]

Servicio académico

Desde 1996, Jones ha participado en muchos comités de investigación, incluidos: Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) , Engineering and Physical Sciences Research Council (EPSRC) , Medical Research Council (MRC) y Research Councils UK . [ cita requerida ] Su investigación ha sido financiada por el BBSRC, The Wellcome Trust , Elsevier , el EPSRC, el MRC, The Royal Society , la Comisión Europea , AstraZeneca , GlaxoSmithKline y Sun Microsystems . [3]

Premios y honores

Jones obtuvo una prestigiosa beca de investigación universitaria de la Royal Society entre 1995 y 1999. [3] En 2022, Jones fue elegido miembro de la Sociedad Internacional de Biología Computacional [17] y miembro de la Royal Society en 2023. [18]

Referencias

  1. ^ Publicaciones de David T. Jones indexadas por Google Scholar
  2. ^ abc n (2012). "David JONES Inpharmatica". companieshouse.gov.uk . Companies House . Archivado desde el original el 7 de marzo de 2017.
  3. ^ abc Jones, David (2015). "Profesor David Jones, Ciencias de la Computación de la UCL". ucl.ac.uk . University College London. Archivado desde el original el 7 de mayo de 2016.
  4. ^ Jones, David Tudor (1993). Enfoques estructurales para el análisis de secuencias de proteínas. london.ac.uk (tesis doctoral). Universidad de Londres . OCLC  941025790.
  5. ^ Jones, David T.; Taylor, William R.; Thornton, Janet M. (1992). "La rápida generación de matrices de datos de mutación a partir de secuencias de proteínas". Bioinformática . 8 (3): 275–282. doi :10.1093/bioinformatics/8.3.275. ISSN  1367-4803. PMID  1633570.
  6. ^ Jones, DT; Taylor, WR; Thornton, JM (1992). "Un nuevo enfoque para el reconocimiento de plegamientos de proteínas". Nature . 358 (6381): 86–89. Bibcode :1992Natur.358...86J. doi :10.1038/358086a0. ISSN  0028-0836. PMID  1614539. S2CID  4266346.
  7. ^ Jones, DT; Taylor, WR; Thornton, JM (1994). "Un enfoque de reconocimiento de modelos para la predicción de la estructura y topología de proteínas de membrana totalmente helicoidales". Bioquímica . 33 (10): 3038–3049. doi :10.1021/bi00176a037. ISSN  0006-2960. PMID  8130217.
  8. ^ Jones, DT (2007). "Mejora de la precisión de la predicción de la topología de proteínas transmembrana utilizando información evolutiva". Bioinformática . 23 (5): 538–544. doi : 10.1093/bioinformatics/btl677 . ISSN  1367-4803. PMID  17237066.
  9. ^ Orengo, CA; Michie, AD; Jones, S; Jones, DT; Swindells, MB; Thornton, JM (1997). "CATH: una clasificación jerárquica de las estructuras de los dominios proteicos". Structure . 5 (8): 1093–1109. doi : 10.1016/S0969-2126(97)00260-8 . ISSN  0969-2126. PMID  9309224.
  10. ^ Orengo, CA; Martin, AM; Hutchinson, G.; Jones, S.; Jones, DT; Michie, AD; Swindells, MB; Thornton, JM (1998). "Clasificación de una proteína en la base de datos CATH de estructuras de dominio". Acta Crystallogr. D . 54 (6): 1155–1167. doi : 10.1107/s0907444998007501 . PMID  10089492.
  11. ^ Cuff, AL; Sillitoe, I.; Lewis, T.; Clegg, AB; Rentzsch, R.; Furnham, N.; Pellegrini-Calace, M.; Jones, D.; Thornton, J.; Orengo, CA (2010). "Extendiendo CATH: incrementando la cobertura del universo de la estructura de proteínas y vinculando la estructura con la función". Nucleic Acids Research . 39 (Base de datos): D420–D426. doi :10.1093/nar/gkq1001. ISSN  0305-1048. PMC 3013636 . PMID  21097779. 
  12. ^ Jones, David T. (1999). "GenTHREADER: un método de reconocimiento de plegamiento de proteínas eficiente y confiable para secuencias genómicas". Journal of Molecular Biology . 287 (4): 797–815. doi :10.1006/jmbi.1999.2583. ISSN  0022-2836. PMID  10191147. S2CID  6057225.
  13. ^ "UCL-CS Bioinformatics: PSIPRED overview" (en inglés). Bioinf.cs.ucl.ac.uk . Consultado el 7 de marzo de 2017 .
  14. ^ McGuffin, LJ; Jones, DT (2003). "Mejora del método GenTHREADER para el reconocimiento de pliegues genómicos". Bioinformática . 19 (7): 874–881. doi : 10.1093/bioinformatics/btg097 . ISSN  1367-4803. PMID  12724298.
  15. ^ Lobley, A.; Sadowski, MI; Jones, DT (2009). "pGenTHREADER y pDomTHREADER: nuevos métodos para mejorar el reconocimiento de plegamientos de proteínas y la discriminación de superfamilias". Bioinformática . 25 (14): 1761–1767. doi : 10.1093/bioinformatics/btp302 . ISSN  1367-4803. PMID  19429599.
  16. ^ McGuffin, LJ; Bryson, K.; Jones, DT (2000). "El servidor de predicción de la estructura de proteínas PSIPRED". Bioinformática . 16 (4): 404–405. doi : 10.1093/bioinformatics/16.4.404 . ISSN  1367-4803. PMID  10869041.
  17. ^ "28 de abril de 2022: ¡La ISCB felicita y presenta a la clase de becarios de 2022!". www.iscb.org . Consultado el 17 de junio de 2022 .
  18. ^ "David Jones". royalsociety.org . Consultado el 24 de mayo de 2023 .