Steenstrup fue el descubridor de la generación alternante, fenómeno por el que la reproducción sucede en dos fases: una sexuada y otra asexuada.
Según la teoría colonial, los organismos son resultado de la asociación de otros organismos más sencillos, que se especializan perdiendo su individualidad en beneficio del organismo superior que conforman.
Steenstrup descubre en 1842, la posibilidad de usar subfósiles del Postglacial como medio de interpretar cambios climáticos y correlativamente cambios en la vegetación, que llamó sucesión ecológica.
[2] Junto con Johan Lange, publica Flora Danica fasc.
La abreviatura Steenstrup se emplea para indicar a Japetus Steenstrup como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.