Fue en París donde Crafts se reunió por primera vez con Charles Friedel, con quien más tarde llevó a cabo algunas de sus investigaciones más exitosas.
En 1868, fue nombrado primer profesor de química en la recién fundada Universidad Cornell de Ithaca, Nueva York, donde permaneció hasta 1870.
Durante los siguientes cuatro años Crafts ejercióó como profesor de química en el Instituto Tecnológico de Massachusetts, pero en 1874 obtuvo una licencia, junto a Charles Friedel de París, y se dedicó exclusivamente a la investigación científica.
Las investigaciones de Crafts se desarrollaron en gran medida en el campo de la química orgánica, pero su nombre está relacionado también con muchos logros interesantes en la física y química física.
Inventó un nuevo termómetro de hidrógeno; midió las densidades del yodo a temperaturas muy altas; demostró una regularidad interesante en la variación de los puntos de ebullición con la presión externa para sustancias químicamente afines; preparó una serie de nuevos compuestos del elemento silicio, que son interesantes debido a su semejanza química con los compuestos correspondientes de carbono, y también preparó nuevos compuestos de arsénico.