Involucrado en el curioso asunto de Donnadieu y sospechoso de una conspiración contra el Primer Cónsul, Fournier fue arrestado en mayo de 1802, encarcelado en el Templo y luego enviado a arresto domiciliario en Périgueux.
En abril de 1805, fue readmitido para comandar la expedición de 600 hombres del contraalmirante Charles René Magon desde Medina a Martinica, pero regresó a Francia sin haber desembarcado.
Fournier sirvió en 1813 en la batalla de Grossbeeren dirigido por el mariscal Nicolas Charles Oudinot y en Leipzig.
Luis XVIII lo restauró a su rango durante la Primera Restauración (1814) y Fournier no sirvió durante los Cien Días.
En 1819, Luis XVIII le otorgó el título de conde.