El escuadrón del río Misisipi fue el escuadrón naval de aguas marrones de la Unión que operó en los ríos del oeste durante la Guerra Civil estadounidense . Inicialmente se creó como parte del Ejército de la Unión , aunque estaba comandado por oficiales navales, y luego se lo conoció como Flotilla de Cañoneras Occidentales y, a veces, como Flotilla del Misisipi . Recibió su designación final cuando fue transferido a la Armada de la Unión a principios de octubre de 1862.
El escuadrón fue creado el 16 de mayo de 1861 y estuvo controlado por el Ejército de la Unión hasta el 30 de septiembre de 1862. John Rodgers fue el primer comandante del escuadrón y fue responsable de la construcción y organización de la flota. El oficial de bandera Andrew H. Foote relevó a Rodgers y alentó al comandante del ejército en el oeste, el general de división Henry W. Halleck , a autorizar una expedición por el río Tennessee contra Fort Henry . Operando en conjunto con el Ejército del Distrito de El Cairo de Ulysses S. Grant , Foote sometió Fort Henry antes de que las tropas de Grant pudieran tomar sus posiciones.
Foote lideró el escuadrón en el ataque a Fort Donelson y luego se unió al Ejército del Mississippi del mayor general John Pope para un ataque conjunto a la isla n.º 10 en el río Mississippi . Charles H. Davis relevó a Foote y procedió a tomar Fort Pillow en el Mississippi. La Flota Ram de EE. UU ., comandada por el coronel Charles Ellet, Jr. , acompañó al escuadrón durante la Primera Batalla de Memphis . Después de la captura de Memphis, el escuadrón fue transferido al control de la Armada de los EE. UU. La transferencia incluyó la Flota Ram, para entonces reconstituida como la Brigada de Marines de Mississippi . Davis ayudó a la primera campaña fallida de Grant contra Vicksburg. El contralmirante David D. Porter relevó a Davis en el mando y dirigió el escuadrón en Arkansas Post y durante la exitosa Campaña de Vicksburg y el asedio de la ciudad.
Porter dirigió el escuadrón durante la desastrosa Campaña del Río Rojo de 1864, y cuando las aguas del río bajaron, la flota estuvo a punto de perderse. Las habilidades de ingeniería del coronel Joseph Bailey , que supervisó la construcción de la presa de Bailey , ayudaron a salvar la flota. Durante la Campaña del Río Rojo, el Escuadrón Mississippi estaba compuesto por 10 acorazados, 3 monitores, 11 barcos de estaño, 1 barco de madera, 1 ariete y varios buques de apoyo, incluidos los buques que se muestran en la siguiente tabla:
El mando pasó temporalmente a manos de Alexander Pennock antes de que asumiera el mando Samuel P. Lee . Lee estuvo al mando hasta que el escuadrón fue disuelto el 14 de agosto de 1865.