Después de una educación en el Institut national des langues et civilizations orientales, ingresó al servicio diplomático como dragomán del consulado en Jerusalén, y luego en Constantinopla.
Sentó las bases de su reputación gracias a su trabajo con la Estela de Mesa, a inscripción semita más antigua que se conozca.
En 1871, Clermont-Ganneau identificó la ciudad bíblica de Gezer (Josué 16:11) con la de Abu Shusha, previamente conocida como Tell el Jezer.
[1] Ese mismo año descubrió la Inscripción Advertencia del Templo en Jerusalén.
Fue el primero en realizar sondeos arqueológicos en Emaús Nicópolis.