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Bacteriófago filamentoso

Los bacteriófagos filamentosos son una familia de virus ( Inoviridae ) que infectan bacterias o bacteriófagos . Reciben su nombre por su forma filamentosa, una cadena parecida a un gusano (larga, delgada y flexible, que recuerda a un trozo de espagueti cocido), de unos 6 nm de diámetro y unos 1000-2000 nm de largo. [1] [2] [3] [4] [5] Esta forma distintiva refleja su método de replicación : la cubierta del virión comprende cinco tipos de proteínas virales, que se encuentran en la membrana interna de la bacteria huésped durante el ensamblaje del fago. , y estas proteínas se agregan al ADN del virión naciente a medida que es extruido a través de la membrana. La simplicidad de los fagos filamentosos los convierte en un organismo modelo atractivo para la investigación en biología molecular , y también se han mostrado prometedores como herramientas en nanotecnología e inmunología .

Características

Subunidades principales de proteínas de cubierta ensambladas en bacteriófagos filamentosos Ff (fd, f1, M13) (género Inovirus ), vista despiezada.
Virión del fago filamentoso: vistas esquemáticas

Los bacteriófagos filamentosos se encuentran entre los organismos vivos más simples conocidos, con muchos menos genes que los clásicos bacteriófagos de cola estudiados por el grupo de los fagos a mediados del siglo XX. La familia contiene 29 especies definidas, divididas en 23 géneros. [6] [7] Sin embargo, la extracción de conjuntos de datos genómicos y metagenómicos utilizando un enfoque de aprendizaje automático condujo al descubrimiento de 10,295 secuencias similares a inovirus en casi todos los filos bacterianos en prácticamente todos los ecosistemas, lo que indica que este grupo de virus es mucho más diverso y más extendido de lo que se apreciaba originalmente. [5]

Tres bacteriófagos filamentosos, fd, f1 y M13, fueron aislados y caracterizados por tres grupos de investigación diferentes a principios de la década de 1960, pero son tan similares que a veces se agrupan bajo el nombre común "Ff", que son miembros del género Inovirus. , según reconoce el Comité Internacional de Taxonomía de Virus (ICTV). [8] [9] La estructura molecular de los fagos Ff se determinó utilizando varias técnicas físicas, especialmente difracción de fibra de rayos X , [2] [6] RMN de estado sólido y microscopía crioelectrónica . [10] Las estructuras de la cápside del fago y de algunas otras proteínas del fago están disponibles en el Protein Data Bank. [6] El ADN monocatenario del fago Ff recorre el núcleo central del fago y está protegido por una cubierta proteica cilíndrica construida a partir de miles de subunidades de proteína de cubierta principal helicoidales α idénticas codificadas por el gen 8 del fago. insertado en la membrana plasmática como un paso temprano en el ensamblaje del fago. [2] Algunas cepas de fagos tienen una "secuencia líder" en la proteína del gen 8 para promover la inserción en la membrana, pero otras no parecen necesitar la secuencia líder. Los dos extremos del fago están cubiertos por unas pocas copias de proteínas que son importantes para la infección de la bacteria huésped y también para el ensamblaje de las partículas del fago naciente. Estas proteínas son productos de los genes de fagos 3 y 6 en un extremo del fago, y de los genes de fagos 7 y 9 en el otro extremo. Los estudios de difracción de fibras identificaron dos clases estructurales de fagos, que se diferenciaban en los detalles de la disposición de la proteína del gen 8. La clase I tiene un eje de rotación que relaciona las proteínas de cubierta del gen 8, mientras que para la clase II este eje de rotación se reemplaza por un eje de hélice. Esta diferencia técnica tiene poco efecto notable en la estructura general del fago, pero el alcance de los datos de difracción independientes es mayor para la simetría de Clase II que para la Clase I. Esto ayudó a determinar la estructura del fago Pf1 de Clase II y, por extensión, la estructura de Clase I. . [2] [6]

La Clase estructural I incluye las cepas fd, f1, M13 del género Inovirus , así como If1 (de la especie Escherichia virus If1 de ICTV , género Infulavirus ) [11] e IKe (de la especie Salmonella virus IKe de ICTV , género Lineavirus ), [12] mientras que la Clase II incluye las cepas Pf1 (de la especie de ICTV Pseudomonas virus Pf1 del género Primolicivirus ), [13] y quizás también Pf3 (de la especie de ICTV Pseudomonas virus Pf3 del género Tertilicivirus ), [14] Pf4 [15] y PH75 (de la especie propuesta por NCBI Thermus fago PH75 , incertae sedis dentro de Inoviridae ). [dieciséis]

El ADN aislado del fago fd (del género Inovirus ) es monocatenario y topológicamente un círculo. Es decir, la hebra única de ADN se extiende desde un extremo de la partícula del fago hasta el otro y luego regresa para cerrar el círculo, aunque las dos hebras no tienen pares de bases. Se suponía que esta topología se extendía a todos los demás fagos filamentosos, pero no es el caso del fago Pf4, [15] para el cual el ADN del fago es monocatenario pero topológicamente lineal, no circular. [10] Durante el ensamblaje del fago fd, el ADN del fago se empaqueta primero en un complejo de nucleoproteína intracelular lineal con muchas copias de la proteína de replicación/ensamblaje del gen 5 del fago. Luego, la proteína del gen 5 es desplazada por la proteína de cubierta del gen 8 a medida que el fago naciente es extruido a través de la membrana plasmática bacteriana sin matar al huésped bacteriano. [17] [18] [2] [19] Esta proteína también se une con alta afinidad a estructuras cuádruplex G (aunque no están presentes en el ADN del fago) y a estructuras en horquilla similares en el ADN del fago. [20]

La proteína p1 del fago Ff (es decir, del género Inovirus ), que es necesaria para el ensamblaje del fago en la membrana, tiene un dominio hidrofóbico que abarca la membrana con la porción N-terminal en el citoplasma y la porción C-terminal en el periplasma (al revés). de la orientación de la proteína de cubierta del gen 8). Adyacente al lado citoplásmico del dominio que atraviesa la membrana hay una secuencia de 13 residuos de p1 que tiene un patrón de residuos básicos que coincide estrechamente con el patrón de residuos básicos cerca del extremo C de p8, pero invertido con respecto a la secuencia. Este mecanismo de ensamblaje convierte a este fago en un sistema valioso para estudiar proteínas transmembrana . [2] [21] [4] El gen 1, que codifica una ATPasa, [22] es un gen marcador conservado que (junto con tres características genéticas adicionales) se utilizó para detectar automáticamente secuencias de inovirus. [5]

Ciclo vital

La replicación viral es citoplasmática. La entrada a la célula huésped se logra mediante adsorción mediada por pilus en la célula huésped. La replicación sigue el modelo de círculo rodante de ssDNA. La transcripción con plantilla de ADN es el método de transcripción. El virus sale de la célula huésped por extrusión viral. [23] El ensamblaje viral ocurre en la membrana interna (en el caso de bacterias Gram-negativas), mediado por un complejo de proteína motora incrustado en la membrana. [23] Este complejo de ensamblaje multimérico, que incluye p1 codificado por el gen 1 (denominado ZOT, toxina de zonula occludens por los investigadores del fago CTXΦ de Vibrio cholerae) es una ATPasa que contiene motivos Walker funcionales y esenciales [22] que se cree que median en la hidrólisis. del ATP que proporciona la energía para el ensamblaje del filamento del fago. En 1987 se demostró que el fago filamentoso Cf1t de Xanthomonas campestris (de la especie propuesta por el NCBI, Xanthomonas phage Cf1t , incertae sedis dentro de Inoviridae , probablemente mal escrito como Cflt), [24] se integra en el genoma bacteriano huésped, y desde entonces se han identificado otros fagos filamentosos de clima templado. reportados, muchos de los cuales han sido implicados en la patogénesis. [1]

Taxonomía

Se reconocen los siguientes géneros: [7]

Los árboles y clados filogenéticos se han utilizado cada vez más para estudiar la taxonomía [25] de Inoviridae. [1] [3] [5] [26]

Sobre la base de datos metagenómicos , se ha propuesto dividir la familia en nuevas familias Amplinoviridae , Protoinoviridae , Photinoviridae , Vespertilinoviridae , Densinoviridae y Paulinoviridae , todas dentro del orden Tubulavirales , por supuesto. [27]

Miembros Notables

  • especie virus Escherichia M13
  • fago fd
  • especie virus Vibrio CTXphi
  • especie virus Escherichia If1
  • fago if1
  • especie Salmonella virus IKe
  • fago Ike
  • especie Pseudomonas virus Pf1
  • fago pf1
  • fago pf3

Otras especies propuestas notables son:

  • especie Thermus fago PH75 [16]
  • fago PH75
  • especie Xanthomonas fago Cf1t (probablemente mal escrito como Cflt) [24]
  • fago cf1t

Historia

La partícula filamentosa observada en las micrografías electrónicas se interpretó inicialmente incorrectamente como un pilus bacteriano contaminante , pero la degradación ultrasónica, que rompe los filamentos flexibles aproximadamente a la mitad, [29] inactivó la infectividad como se predijo para la morfología de un bacteriófago filamentoso. [30] Tres bacteriófagos filamentosos, fd, f1 y M13, fueron aislados y caracterizados por tres grupos de investigación diferentes a principios de la década de 1960. Dado que estos tres fagos difieren en menos del 2 por ciento en sus secuencias de ADN, lo que corresponde a cambios en sólo unas pocas docenas de codones en todo el genoma, para muchos propósitos pueden considerarse idénticos. [31] Una caracterización adicional independiente durante el siguiente medio siglo estuvo moldeada por los intereses de estos grupos de investigación y sus seguidores. [2]

Los fagos filamentosos, a diferencia de la mayoría de los otros fagos, son expulsados ​​continuamente a través de la membrana bacteriana sin matar al huésped. [19] Los estudios genéticos sobre M13 utilizando mutantes letales condicionales, iniciados por David Pratt y sus colegas, condujeron a la descripción de las funciones de los genes de los fagos. [32] [33] En particular, el producto proteico del gen 5, que se requiere para la síntesis del ADN monocatenario de la progenie, se produce en grandes cantidades en las bacterias infectadas, [34] [35] [36] y se une a el ADN naciente para formar un complejo intracelular lineal. [17] (La simple numeración de genes usando números arábigos 1,2,3,4... introducida por el grupo Pratt a veces es desplazada por la práctica de usar números romanos I, II, III, IV... pero el gen los números definidos por los dos sistemas son iguales).

Se puede incluir ADN más largo (o más corto) en el fago fd, ya que se pueden agregar más (o menos) subunidades de proteína durante el ensamblaje según sea necesario para proteger el ADN, lo que hace que el fago sea conveniente para estudios genéticos. [37] [38] La longitud del fago también se ve afectada por la carga positiva por longitud en la superficie interior de la cápside del fago. [39] El genoma de fd fue uno de los primeros genomas completos en ser secuenciado. [40]

La taxonomía de los bacteriófagos filamentosos fue definida por Andre Lwoff y Paul Tournier como familia Inophagoviridae, género I. inophagovirus, especie Inophagovirus bacterii (Inos=fibra o filamento en griego), con el fago fd (Hoffmann-Berling) como especie tipo. [41] [42] "Phagovirus" es tautológico , y el nombre de la familia se modificó a Inoviridae y el género tipo a Inovirus . Esta nomenclatura persistió durante muchas décadas, [9] aunque la definición de fd como especie tipo fue reemplazada a medida que M13 se usó más ampliamente para la manipulación genética, [43] [44] y para estudios de p8 en entornos miméticos de membrana. [2] El número de bacteriófagos filamentosos conocidos se ha multiplicado muchas veces mediante el uso de un enfoque de aprendizaje automático, y se ha sugerido que "la antigua familia Inoviridae debería reclasificarse como un orden, dividida provisionalmente en 6 familias candidatas y 212 subfamilias candidatas". ". [5] Los fagos fd, f1, M13 y otros fagos relacionados son fagos Ff , para fagos filamentosos específicos de F (infectan a Escherichia coli que porta el episoma F ) , utilizando el concepto de nombre vernáculo. [45]

Los bacteriófagos filamentosos diseñados para mostrar péptidos inmunogénicos son útiles en inmunología y aplicaciones biológicas más amplias. [46] [47] [48] [49] George Smith y Greg Winter utilizaron f1 y fd para su trabajo sobre la visualización de fagos , por lo que recibieron una parte del Premio Nobel de Química de 2018. Angela Belcher y sus colegas han empleado la creación y explotación de muchos derivados de M13 para una amplia gama de propósitos, especialmente en ciencia de materiales . [49] [50] [51] [52] Los bacteriófagos filamentosos pueden promover la tolerancia a los antibióticos formando dominios cristalinos líquidos [53] alrededor de las células bacterianas. [54] [10]

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