En 1965 se graduó como licenciado en Sociología con diploma de honor en la Universidad Católica Argentina (UCA) de Buenos Aires.
En 1974 recibió una beca de la Fundación Ford para estudiar en Estados Unidos.
D.) en Ciencia Política de la Universidad Harvard, en Cambridge (Massachusetts), con la aprobación de su tesis doctoral La formación y crisis del Estado oligárquico argentino (1880-1930).
Ha sido distinguido con varios doctorados honoris causa por las universidades nacionales de Córdoba, Cuyo, Misiones y Salta en Argentina, por la universidad del Pilar de Paraguay y la Universidad Nacional Experimental Rafael María Baralt de Venezuela.
Vargas Llosa, una pluma al servicio del imperio (Buenos Aires: UNDAV y CCC, 2021) A fines de mayo de 2017, Borón alertó sobre el uso de fuerzas militares en Venezuela y la posibilidad que «se convertiría, de facto, en el estado número 51 de Estados Unidos».