Más tarde colaboró con los refugiados afganos en Pakistán, donde entró en contacto con los muyahidines.
[5] En agosto de 2009 se presentó como independiente a las elecciones presidenciales como principal rival de Hamid Karzai según varias encuestas y analistas políticos.
Abdullah, afirmando que las condiciones en las que iba a celebrarse la segunda vuelta fijada para el siguiente 7 de noviembre serían semejantes, anunció su retirada de las elecciones;[7] lo que se tradujo al día siguiente en la confirmación de Karzai como vencedor y presidente de Afganistán para los siguientes 5 años.
[8] Volvió a presentarse como candidato para las elecciones presidenciales de 2014.
Este acuerdo tuvo la presión con la visita del Secretario de Estado de los Estados Unidos el cual indicó que si los líderes no llegaban a un acuerdo, ese país retiraría la ayuda económica que les brinda.