Después de sus inauditas pretensiones como gobernador de la Nueva Castilla ( Perú ) tras la muerte de su hermano , Gonzalo Pizarro presionó para que se le reconociera como gobernante de la tierra que él y sus hermanos habían conquistado. Tras la llegada del designado virrey real Blasco Núñez Vela en 1544, Gonzalo logró que lo rechazaran y lo enviaran encadenado a Panamá . Sin embargo, fue liberado y regresó a Perú por mar mientras Gonzalo estaba reuniendo un ejército. Los dos se encontraron el 18 de enero en Iñaquito , en las afueras de Quito , actual capital de Ecuador , donde la superioridad del ejército de Nueva Castilla aseguró la victoria para Gonzalo. Se dice que Blasco Núñez Vela luchó, pero cayó como víctima en la batalla y luego fue decapitado en el campo de la derrota, un destino que el propio Gonzalo compartiría dos años después en Jaquijahuana .
En 1542 se creó el cargo de Virrey del Perú y la Real Audiencia de Lima , y al año siguiente llegó al Perú el Virrey Blasco Núñez Vela y los nuevos oidores de la Real Audiencia, con la firme intención de hacer cumplir las recién promulgadas Leyes Nuevas que abolían la encomienda y prohibían el trabajo personal de los indígenas. Los encomenderos protestaron y organizaron una rebelión, eligiendo como líder a Gonzalo Pizarro , entonces un rico encomendero de Charcas (actual Bolivia ).
Gonzalo fue al Cuzco, donde fue magníficamente recibido y proclamado Procurador General del Perú para protestar las Nuevas Leyes ante el Virrey y, si era necesario, ante el mismo Emperador Carlos V (1544).
En Lima, el virrey Núñez Vela era odiado por su capricho, hasta el extremo de matar con sus propias manos a un prominente vecino de la ciudad, un administrador llamado Illán Suárez de Carbajal. Los jueces de la Real Audiencia, en su afán de ganar popularidad, se inclinaron a defender los derechos de los encomenderos y a tomar prisionero al virrey. El 18 de septiembre de 1544 lo enviaron de regreso a España.
Gonzalo Pizarro entró triunfante en Lima el 28 de octubre de 1544, seguido por 1200 soldados. Los jueces, entre alegres y temerosos, lo recibieron como gobernador del Perú. La rebelión contra la corona española ya era un hecho. El líder gozaba del apoyo popular; sus hombres lo llamaban el Gran Gonzalo y al levantamiento lo llamaron la "Gran Rebelión".
Mientras tanto, el Virrey logró escapar, convenciendo a su guardián, el juez Juan Álvarez , para que lo dejara en libertad. Desembarcó en Tumbes , en la costa norte del Perú , y se dirigió a Quito , donde formó un nuevo ejército. Con estas fuerzas marchó hacia el sur, para enfrentarse a los rebeldes de Gonzalo.
El virrey ocupó San Miguel de Piura y continuó hacia el sur. Enterado de estos movimientos, Gonzalo salió de Lima con sus fuerzas y se dirigió al norte, llegando a Trujillo . El virrey se retiró entonces, temiendo el poder de su adversario, y regresó a Quito a marchas forzadas. El viaje fue largo y cansado, todo el tiempo siendo perseguido de cerca por Gonzalo, sin luchar o luchando muy poco. Posteriormente se dirigieron más al norte, hacia Popayán (actual Colombia ).
Mientras tanto, el capitán Diego Centeno se sublevó en Charcas (Bolivia), enarbolando la bandera del Rey. Desde Quito, Gonzalo Pizarro ordenó a Francisco de Carvajal que abordara este nuevo frente de campaña, mientras Gonzalo esperaba al virrey.
Mientras tanto, el virrey permaneció concentrado en Popayán, donde recibió refuerzos del norte; uno de los capitanes que se unió a él fue Sebastián de Benalcázar , gobernador de Popayán. Mientras tanto, fue ganando el apoyo de los caciques indígenas de la región, cuya labor fue invaluable, pues abandonaron a los seguidores de Pizarro , aumentando así la impaciencia que sufrían los hombres de Pizarro debido a la prolongada inactividad. Sólo hubo una escaramuza en un lugar llamado Río Caliente.
Fue entonces cuando Pizarro planeó una inteligente estrategia para sacar al virrey de Popayán, una posición que le resultaba difícil de atacar: dejando una pequeña guarnición en Quito , bajo el mando de Pedro de Puelles, Pizarro se presentó para marchar hacia el sur con todo su ejército, instruyendo a sus aliados indígenas para que difundieran la historia de que marchaba para ayudar a Carvajal contra Centeno. El virrey fue engañado y poco después trasladó sus tropas fuera de Popayán con la intención de apoderarse de Quito . No esperaba que el líder rebelde en lugar de ir al sur hubiera estacionado a sus hombres a tres leguas de Quito , a lo largo del río Guallabamba. Los espías no se dieron cuenta de la artimaña hasta que llegaron a Otavalo . Como era demasiado tarde para regresar, el virrey ocultó esta noticia a sus tropas, para no desanimarlas, y continuó avanzando, decidido ya a ir a la batalla. Así llegó a la orilla del Guallabamba que estaba frente a la posición de los rebeldes. Era demasiado ventajoso, pues Benalcázar había aconsejado al virrey desviarse a Quito por un camino menos transitado, plan que el virrey aceptó.
Triste fue el recibimiento que se le dio al virrey en Quito , donde había mujeres que, conociendo la superioridad militar de Gonzalo , reprocharon al virrey haber "ido allí sólo a morir". El superior de los franciscanos , que también era pesimista, ofreció refugio a Blasco Núñez en su convento e invitó a Benalcázar a retirarse lo antes posible, proposiciones que fueron ignoradas. Mientras tanto, las tropas de Pizarro también habían tomado el camino de Quito . El virrey, considerando las dificultades de montar una defensa en la ciudad, reunió a sus tropas y dio órdenes de salir y dar batalla fuera de Quito . Esto fue la tarde del 18 de enero de 1546.
El Valle de Iñaquito tiene una extensión de unos 4 km y lo adorna una laguna en cuyas orillas retozan coloridas aves.
En una altura que domina ligeramente el Valle, Gonzalo Pizarro reunió a sus tropas. Contaba con unos 700 hombres; de ellos, 200 llevaban mosquetes y 150 iban a caballo. Su maestre de campo , en ausencia de Francisco de Carvajal, era Pedro de Puelles. Uno de los jefes de la caballería era Benito Suárez de Carbajal. Les acompañaba el oidor Vásquez de Cepeda. Pizarro pronunció un encendido discurso, cuyas frases finales fueron: «Señores, a luchar y defender vuestra libertad, vida y bienes».
Las fuerzas del virrey Blasco Núñez Vela estaban compuestas por poco más de 400 hombres. Su caballería era casi igual en número que su adversario (unos 140 hombres). Juan Cabrera fue su Maestre de Campo , y por los capitanes de los mosqueteros y del piquero: Sancho Sánchez Dávila, Francisco Hernández Girón, Pedro de Heredia y Rodrigo Núñez de Bonilla. La caballería se dividió en dos escuadrones: el virrey tomó el mando de la mayor parte, y el otro se lo dio a sus capitanes Sebastián de Benalcázar, Pedro de Bazán y Hernando de Cepeda (Cepeda era primo de Santa Teresa de Jesús [2] ). Entre ellos, con la intención de luchar como soldado, se encontraba el juez Juan Álvarez .
El Virrey también pronunció un emotivo discurso, prometiendo ser el primero en romper su lanza contra el enemigo y finalizó con las dramáticas palabras: “Que Dios es la causa, Dios es la causa, Dios es la causa”. El Virrey también vestía un uncu, una camisa indígena de algodón, que cubría su armadura y sus insignias. Algunos decían que era para evitar el fuego enemigo, y otros decían que era para luchar con más humildad, como uno más de los soldados.
La batalla se inició con fuego de mosquetes por parte del virrey, al que los rebeldes respondieron de inmediato. Como había prometido, el virrey dirigió a sus jinetes en un ataque contra Puelles; y fue tan grande su ímpetu que la primera lanza derribó a un jinete llamado Alonso de Montalvo. El choque de ambas caballerías, casi iguales en número, fue violento. Pero los mosqueteros de Pizarro vinieron a inclinar la balanza de la lucha. Cuando llegaron a un flanco, comenzaron a diezmar a sus enemigos con mortal precisión. El combate entre las infanterías favoreció al bando de Pizarro , siendo superior en número. Benalcázar fue herido de varios tiros, mientras que Juan de Guevara y Sánchez Dávila fueron muertos.
Muertos sus jefes, la infantería del virrey se desmoronó. La caballería rebelde victoriosa destruyó al enemigo sin compasión, mientras los mosqueteros no cesaban el fuego. El virrey, que combatía valerosamente en el flanco izquierdo, fue finalmente alcanzado por un golpe de Hernando de Torres (vecino de Arequipa), recibiendo una herida mortal en la cabeza. Al principio no lo identificaron debido al uncu indígena sobre su armadura. Sin embargo, poco tiempo después fue reconocido por un soldado y la noticia llegó a Benito Suárez de Carbajal, cuyo hermano Illán había sido asesinado en Lima por el virrey. Por este motivo Carbajal se unió a la batalla, para matar al virrey con sus propias manos y vengar la muerte de su hermano. Pero fue retenido por Pedro de Puelles, diciéndole que era una cosa bastante baja ir a matar a un hombre que ya había caído. Entonces Benito Suárez envió a un esclavo negro para terminar la obra. El virrey fue decapitado de un solo golpe, y su cabeza fue clavada y alzada en una pica para que todos la vieran. No contento con esto, Benito Suárez se hizo cortar la barba y los bigotes, y los utilizó para adornar su propio sombrero; otros lo imitaron, como Juan de la Torre (llamado "El madrileño" para distinguirlo de otro hombre del mismo nombre, uno de los Trece Famosos ).
La muerte del virrey desmoralizó a los últimos soldados de su infantería que aún resistían, quienes fueron capturados y masacrados. Sólo unos pocos lograron escapar. Los siguieron durante un tiempo los jinetes de Pizarro , hasta que llegó la noche y Gonzalo hizo sonar las trompetas, reuniendo a sus tropas y poniendo fin a la batalla.
Del lado del virrey murieron unos 300 hombres, mientras que los rebeldes lamentaron la pérdida de muy pocos: apenas siete hombres. Pizarro no fue despiadado con sus prisioneros: Hernández Girón y Benalcázar, heridos en la lucha, obtuvieron un indulto honroso. Sólo unos pocos de los más obstinados seguidores del virrey fueron ahorcados o desterrados a Chile. Fue una suerte para los hombres del virrey que el cruel Francisco de Carvajal no estuviera allí, pues de lo contrario ninguno de ellos habría escapado a la muerte.
La cabeza cortada del virrey fue arrastrada por el suelo hasta Quito , donde fue colocada en la picota . Gracias a vecinos influyentes, el cuerpo y la cabeza fueron recogidos para darles un entierro digno en la catedral de Quito , para luego ser trasladados a la tierra del virrey, Ávila, en España . Así terminó la vida del primer virrey del Perú .