Diecisiete meses después se arrepintió y regresó al calvinismo pero, para evitar la persecución, huyó a Ginebra, donde descubrió la obra de René Descartes.
La gran reputación adquirida por esta crítica fomentó la envidia del compañero de Bayle, Pierre Jurieu, que había escrito un libro sobre el mismo asunto.
El periódico estaba dirigido a aquellos intelectuales que tenían al francés como la lengua de la literatura, la filosofía y la ciencia.
No se amilanó por este golpe, principalmente porque estaba ocupado en la preparación de su Dictionnaire historique et critique (Diccionario histórico y crítico; 2 vols.
En principio estaba previsto que el Dictionnaire historique et critique fuera una versión mejorada del Grand Dictionnaire historique (1674) —un valioso diccionario enciclopédico sobre personas famosas del jesuita Louis Moréri—, pero con el tiempo evolucionó en un tipo nuevo de obra de consulta.
En efecto, Bayle no se limitó a recoger el estado del conocimiento contemporáneo de personajes y figuras históricas, sino que intenta ir más allá y presentar una visión crítica de este conocimiento.
Por ello, Ernst Cassirer considera a Bayle como el creador del rigor científico en los estudios de historia.
Falleció en el exilio en Róterdam (Países Bajos), antes de que su obra se hiciera famosa.