Negoció la cesión de la Florida a los Estados Unidos y los límites entre ese país y Nueva España, mediante el documento que lleva su nombre, Tratado de Adams-Onís.
Por ello, fue encarcelado en Francia, aunque logró escapar de la prisión.
En 1809 fue designado ministro plenipotenciario en los Estados Unidos de América.
El gobierno de los Estados Unidos no concedió el plácet al ministro plenipotenciario hasta el año 1814, aduciendo para ello el estado de guerra en que se hallaba España en ese momento; durante esos años el ministro publicó diversos folletos críticos hacia el gobierno de los Estados Unidos bajo el pseudónimo Verus.
Esta red fue especialmente activa en la lucha contra el denominado "corso insurgente hispanoamericano", corsarios, en su mayoría norteamericanos, que se ponían al servicio de las nacientes repúblicas de la América Hispana.