Heerenveen se había convertido en el campeón del norte holandés en tres ocasiones, y una vez que la Segunda Guerra Mundial había concluido, el club volvería a reeditar sus éxitos, de los pies de Abe Lenstra.
Tan solo cuatro años después regresaría a la máxima categoría, donde se ha mantenido hasta la actualidad.
El equipo frisón volvería a disputar el mismo torneo (las primeras veces que lo ha hecho fue por invitación), pero en 1998 finaliza en la sexta posición, pero pudo competir en la desaparecida Recopa de Europa, ya que el Ajax había ganado la liga y la copa nacionales.
En ese torneo, el club solo llega a segunda ronda (siendo eliminado ante el NK Varteks croata); aunque en la misma campaña 1998-99, el equipo logra finalizar en la séptima posición, plaza que le permitió disputar la Copa Intertoto del año 1999, accediendo hasta las semifinales (donde cayó ante el West Ham United).
En 2009 consiguió ganar por primera vez la Copa de los Países Bajos, derrotando en la final al FC Twente por lanzamientos penales tras empatar a dos goles en tiempo reglamentario y suplementario.