Afonso Alves comenzó su carrera en el Atlético Mineiro y luego se unió a la Allsvenskan en 2002 con el Örgryte IS.
En 2004 se trasladó al Malmö FF , donde ganó el campeonato sueco ese mismo año.
En su primera temporada en el club, terminó máximo goleador con 34 goles en 31 partidos, un nuevo récord para el Heereveen.
Pero debido a la falta de acuerdo sobre las exigencias salariales del jugador, las discusiones entre los dos clubes fracasaron.
El importe pagado por el traspaso al Heerenveen asciende a 20 millones de euros.