Con la llegada del nuevo milenio, el FC Koper logra consistentemente posiciones en la mitad superior de la tabla (logra el tercer puesto en la temporada 2001-02, su nivel más alto desde la independencia de Eslovenia).
En la temporada 2003-04, estaban jugando en una competición europea por primera vez desde 1991: la Copa Intertoto de la UEFA.
Los aficionados tomaron el control del club y trataron de mejorar sus finanzas para salvarlo de la quiebra y desapareciendo al igual que otros tres grandes clubes eslovenos (Olimpija, Mura y Liubliana), con un éxito razonable.
En la temporada 2005-06, Mladen Rudonja volvió al club y trajo con él el empresario serbio-estadounidense Milán Mandarić, que pagó todas las deudas restantes.
Toma el nombre de la zona en la que se ha realizado (Bonifika, en castellano bonificación).