Una vez el chico estuvo a salvo en su barco y temiendo que el medallón identificase al joven Will como un pirata, Elizabeth lo cogió y se lo quedó sin decir nada a nadie.
Jack aprovecha la ocasión para tomar a Elizabeth como rehén y librarse así de la justicia.
Esa misma noche Port Royal es atacado por piratas y toda la ciudad está inmersa en el caos.
Barbossa parece estar de acuerdo con el trato pero además se la lleva como prisionera.
Toda la tripulación del Interceptor es hecha prisionera por Barbossa y el barco sufre graves daños.
Ante la perspectiva de casarse con Elizabeth, el Comodoro acepta y van a Isla la Muerta.
Jack va a la gruta donde está Barbossa e interrumpe el sacrificio diciendo que la Marina Real les aguarda fuera.
Jack consigue devolver al cofre la última pieza y con la maldición acabada le dispara a Barbossa, hiriéndolo de muerte.
Luego Elizabeth huye con Jack, Will, Pinetl y Raghetti al Perla sin saber que Norrington robo el corazón de Jones.
Cuando Sao Feng toma el Perla Negra aceptando ser del "bando ganador", es decir del bando de Lord Becket, pide a Elizabeth creyendo que es Calipso a cambio de romper el trato con Becket, Elizabeth acepta aun discutiendo su decisión con Will.
Pero este se despierta creyendo que es un sueño y sigue durmiendo en los brazos de Elizabeth.
Su padre era reconocible por usar un sombrero negro adornado con ornamentos floreados dorados y una pluma grande del mismo color de su traje como toque final.
Por último, en la tercera, se lo ve en camino a «los dominios de Davy Jones», navegando en un bote.
Elizabeth le reclama a Beckett la muerte de su padre, y éste contesta: "Él eligió su destino".
Sin embargo, después de esto, su esposo es herido a muerte en el corazón por causa del malvado Davy Jones, y en consecuencia, hunde la espada en su corazón difuminando toda esperanza de vida en él.
Ganada la guerra y con la muerte de Beckett, Elizabeth es dejada en Port Royal por Will, quién debe trabajar durante diez años transportando las almas al mundo de los muertos, tal y como Calypso le ordenó en su momento a Davy Jones.