La base se convirtió pronto en un nido de piratas, pues constituía un lugar perfectamente situado entre las líneas marítimas que unían España con Panamá.

También se instalaron en la ciudad durante algún tiempo piratas famosos como Bartholomew Roberts, Roche Brasiliano, John Davis y Eduard Mansvelt.

Los piratas ya no fueron necesarios para defender la ciudad y el tráfico de esclavos tomó mayor importancia.

Los ciudadanos de las clases altas aborrecían ahora la reputación que había adquirido la ciudad, aunque fuese en gran parte por las acciones que precisamente les habían convertido a ellos en miembros de la alta sociedad.

En 1687 Jamaica comenzó a adoptar medidas contra la piratería, tornando lo que hasta entonces había sido un paraíso para los corsarios en un lugar común para su ejecución.

Charles Vane y Jack el Calicó habían encontrado su final en este mismo lugar dos años antes.

Los tsunamis subsiguientes erosionaron aún más el terreno, sumergiendo para siempre la mayor parte de la ciudad, aunque sin destruirla realmente.

El tercio superviviente fue objeto de reconstrucción en los años siguientes, aunque no sin pocos problemas.

[6]​[7]​ En la actualidad, Port Royal es una pequeña localidad con menos de 2200 habitantes, sin relevancia comercial o política.