Los autores creen que estaba lo suficientemente desarrollado como para erigir un nuevo taxón sobre la base de sus caracteres morfológicos únicos.
Zhongornis proporciona información anatómica importante sobre la transición evolutiva de avialanos basales primitivos como Archaeopteryx, que tenía una cola larga y huesuda y un tercer dedo similar al de un dinosaurio, a los avialanos más avanzados como las enantiornitas, que tenían un tercer dedo reducido y colas fusionadas en pigóstilos rígidos.
Ninguno de los centros vertebrales está fusionado, pero los últimos cuatro forman un borde lateral continuo, lo que implica que este espécimen tenía un pigóstilo incipiente.
(1992) sugirieron que la evolución del pigóstilo pudo haber ocurrido cuando las numerosas vértebras de la cola se volvieron muy pequeñas y muy anquilosadas.
Con base en esta y otras características, los autores reinterpretaron a Zhongornis como el taxón hermano de los escansoriopterígidos, y además sugirieron que este clado (Zhongornis + Scansoriopterygidae) es el grupo hermano de Oviraptorosauria.