Asentamiento zoque De acuerdo con Francisco J. Núñez que cita al Dr. Martínez Gracida, refiere que “en la época remota en lo que hoy es Zanatepec, existieron varios cerros, una caverna y una laguna que llegaron a poseer, antes de la era vulgar los indios zoques", siendo el más importante de ellos el Cerro del Cuscumate, un sitio sagrado para los zoques de Zanatepec, pues aquí fue donde fundaron el primer asentamiento.
Desde entonces los mexicas, aliados con los zapotecas, despojaron también a los pueblos zoques de Niltepec, Zanatepec y Tapanatepec, los cuales quedaron en posesión definitiva de los zapotecas, al igual que Juchitán, cuando conquistaron Tehuantepec, a finales del siglo XV.
Lo anterior corresponde a lo expuesto por el antropólogo Alfonso Villa Rojas (1990), quien precisa que “al parecer los zoques no pudieron mantenerse en forma permanente dentro de la vasta extensión territorial, viendo reducirse su territorio debido a las constantes y diversas invasiones de otros grupos indígenas.
Así pues, los zoques en Oaxaca quedaron aislados en los Chimalapas, lo que afectó seriamente su comercio al perder contacto con los demás pueblos hermanos (mixes y popolucas) (Bartra, 1990).
De acuerdo con Gracida, la conquista zapoteca del Soconusco se llevó a cabo en 1497, a lo que Francisco Salazar refiere que: “En tiempos de Cosijoeza invadieron los zapotecas el Soconusco colonizándola con soldados zapotecas, por lo que hasta estos tiempos aún existen representantes de dicha raza en aquellas lejanas tierras” (Salazar, 1917).
El documento tenía la función de servir como evidencia en disputas territoriales ante las autoridades coloniales.
Estos elementos pictóricos ayudan a reconstruir la organización territorial de los zapotecos en Zanatepec.
Por ello, el nombre del rey de Zanatepec, Nahuiltecpatl, pasó a denominarse en zapoteco Guluuxu (o Gululush), que significa pescado barbudo, razón por la cual los habitantes de Zanatepec se denominan a sí mismos como gulucheños, hasta hoy.
Mientras que en este periodo otros pueblos del Istmo tributaban a Don Juan Cortés Cocijopij, como Juchitán, Ixtepec, Chihuitán, Petapa, Ostuta, Guevea, Tlacotepec y Zanatepec.
Este fue fundado por la Orden de los Dominicos, teniendo bajo su responsabilidad a los pueblos de San Miguel Chimalapa, Santa María Chimalapa, Tapanatepec, Ostuta, Niltepec y Santo Domingo (Ingenio) (García, 1971).
(Moro, 1844).” En 1847 se formalizó el traslado de residencia del curato de Zanatepec a Santa María Chimalapa, principalmente debido a las mejores condiciones climáticas y económicas que ofrecía (Arroyo citado por Núñez, 2006), pero también para evitar conflictos con los zoques ya que, si bien estos únicamente residían en los Chimalapas, bajaban a Zanatepec y Niltepec para las fiestas patronales con el objeto de comerciar con los zapotecos (Instituto Chiapaneco de Cultura, 1993).