Trabajó brevemente para el arquitecto Walter Gropius, que se convirtió en una influencia importante en su obra.

Desde 1964 hasta 1972, trabajó para el estudio del arquitecto Kenzō Tange, que era quizás el arquitecto modernista japonés más importante, en la universidad de Tokio.

Entre sus últimos colaboradores podemos destacar a Isamu Noguchi, al arquitecto del paisaje americano Peter Walker, y al artista Genichiro Inokuma.

Taniguchi ganó una competición en 1997 para rediseñar el Museo de Arte Moderno de Nueva York, venciendo a otros diez arquitectos internacionalmente renombrados, incluyendo Rem Koolhaas, Bernard Tschumi, y Jacques Herzog y Pierre de Meuron.

Lo que hizo en el MoMA fue su primer trabajo fuera de Japón.