La madre de Ras Ali fue la emperatriz Menen Liben Amede.

Durante las diversas guerras entre Ras Ali y su principal rival por el poder, Dejazmach Wube Haile Maryam de Semien, el emperador Yohannes fue depuesto y restaurado varias veces entre el 30 de agosto de 1840 y 1851, alternando con su primo Sahle Dengel.

Yohannes fue depuesto por primera vez (octubre de 1841) por mostrarse amigo de Dejazmach Wube; se restauró brevemente en 1845, luego se restauró una vez más "por algún medio desconocido" en 1850, según EA Wallis Budge.

[1]​ Por otra parte, según Donald Crummey, estuvo bajo la influencia de los misioneros católicos que trabajan con el obispo Justin de Jacobis , convirtiéndose al catolicismo en 1851.

[3]​ Otra fuente afirma que cuando Kassa finalmente usurpó el trono imperial, Yohannes accedió a retirarse del trono con la condición de que el nuevo Emperador garantice que nunca se le haría reunirse con su odiada esposa, la emperatriz Mennen.