El juego trata sobre las aventuras de Nathan Adams, un niño de 11 años al que le roban el reloj Yo-kai, junto a Whisper y Jibanyan, tendrán que adentrarse en el pasado para derrotar a Lady Desdicha, villana principal, y sus secuaces, los Yo-kai maléficos.

En la primera parte del juego Nathan se adentra en Floridablanca y consigue la amistad de Jibanyan y Milimpiano(este último quedaria olvidado), en el capítulo 3 Nathan entra en su colegio de noche tras escuchar unos ruidos unos días antes.

Nathaniel estaba endeudado con unos Yo-Kai, por unos favores (que no se dicen en el juego) y Nathan tiene que volver al presente a buscar 5 yo-kai "Clasicos": Nereida, Kappafalso, Sombrillo, Torivinador y Nomi.

La guerra sería interrumpida por la presencia de Injustio, un Yo-Kai amigo de Lady Desdicha el cual intenta derrotar a los protagonistas (no lo consigue), el cual acaba siendo derrotado por El Gran Mangu(Un Yo-kai sabio y viejo), tras la victoria sobre el Yo-Kai maléfico se presenta Lady Desdicha en el campo de batalla y dice su plan, llenar Floridablanca de un humo gris para conseguir todo el poder y hacer que Nathan no consiga el reloj Yo-kai y no pueda parar a McKracken(villano del primer juego y presidente/dictador del mundo Yo-Kai sucedido por Zazel).

Tras eso, Nathan derrota a los 5 secuaces más poderosos de Lady Desdicha, pero ya es tarde, porque la niebla ha llegado al presente y los padres, amigos y familiares están espiritados por los Yo-kai maléficos.