Eugen Taubler, un gran erudito de la historia del Tanaj y del Segundo Templo, quien abrió la puerta al enfoque científico crítico de los estudios judíos.

En 1922, Baer escribió un libro que nunca vio la luz sobre los judíos del Ducado de Kleve en el norte del Sacro Imperio Romano Germánico en los siglos XVIII y XIX.

En 1936, Yitzhak Baer publicó el libro "La Inquisición y los judíos de Castilla".

En 1936, se publicó en alemán su libro "Diáspora" (en hebreo se imprimió solo después de su muerte), que describe el significado de la diáspora a los ojos de los judíos y sus oponentes desde el crepúsculo del período del Segundo Templo hasta la Edad Moderna.

Esto es en el contexto de los acontecimientos históricos en los que creció.

Baer no vio una 'edad de oro' para los judíos en la España musulmana, como creían otros investigadores judíos de la época, y en su opinión la cultura cortesana judía floreció debido a la corrupción y la permisividad que imperaba entre los gobernantes y no por una voluntad deliberada.

Baer compara al rabino Yehuda Hassid con Francisco de Asís.

Baer escribió su revolucionario ensayo "Los fundamentos y comienzos de la organización de la comunidad judía en la Edad Media" en el que argumentó que la comunidad judía era el fruto del exilio y que crecía como la carne del urbanismo europeo medieval.

Por otro lado, Baer cree que la comunidad se desarrolló desde la época del Segundo Templo, y existió de manera continua durante 1.300 años, hasta que su consolidación alcanzó su apogeo en España.

En su artículo "Jerusalén durante la Gran Revuelta", en su libro "Investigaciones y Ensayos sobre la Historia del Pueblo de Israel" (Vol.

Baer afirmó que, contrariamente a lo que se dijo en Josefo, toda la gente de la nación luchó para preservar su estilo de vida judío y salvar a Jerusalén y el templo.

[3]​ En su artículo "Los fundamentos históricos de la halajá", Baer trató de pintar un cuadro del estado y la sociedad en Israel, analizando la halajá y comparándola con la constitución griega.

En su libro “Israel en las Naciones, Estudios en la Historia del Segundo Templo y el Período de la Mishná y en los Fundamentos de la Halajá y la Fe”, Baer percibe el período helenístico pre-asmoneo, como una era en la que se crearon las primeras leyes., basado en ideales con un aspecto místico-ascético-espiritual del martirio.

Estas leyes allanaron el camino que la sociedad judía siguió a partir de entonces.