Se ha propuesto que los Shuotéridos estuviesen emparentados a los australosfénidos en un clado llamado Yinotheria[5][6][7], hubo incluso la propuesta de que Kuehneotheriidae fuese también del tallo-monotrema.
[8] Kuehneotheriidae † Shuotheriidae † Henosferidae † Ausktribosphenidae † Monotremata Actualmente la propuesta de Yinotheria se rechaza en favor de Docodontiformes,[9] y el grupo Kuehneotheriidae también debido a este y otros estudios, así como a la calibración del reloj molecular, debido a que la familia aparece antes de la aparición del grupo corona de mamíferos.
[2][3]Debido que Triconodonta y Eutriconodonta son parafiléticos, y que algunos triconodontos caen fuera del grupo corona de mamíferos; se sospecha la presencia de triconodontos en el linaje de los monotremas y sus parientes.
[4] Kuehneotheriidae † Triconodontos del tallo monotrema* † Henosferiidae † Ambondro † Ausktribosphenidae † Monotremaformes Fruitafossor † Amphidontidae † Klameliidae † Gobiconodontidae † Amphilestidae † Volaticotheria † Jeholodentidae † Triconodontidae † Tinodontidae* † Spalacotheriida* † Cladotheria Prototheria como se habría formulado es parafilético hacia los mamíferos vivíparos, por lo que se ha abandonado algunos cayendo fuere del grupo corona de mamíferos, otros siendo del tallo-monotrema, y otros siendo del tallo-terio.
[10] No obstante algunos taxonomistas (por ejemplo, McKenna y Bell 1997) prefieren mantener el nombre Prototheria como un contraste apropiado con el otro grupo de mamíferos vivos, los Theria.