La serie de Xenosaga sirve como un sucesor espiritual al juego Xenogears, que fue lanzado en 1998 para la PlayStation por Squaresoft (Square Enix).
Aunque la trama en si jamás muestra dicha conexión de forma palpable, personajes como Nephilim y Abel fácilmente son reconocibles como versiones infantiles de Fei Fong Wong y Elhaim, o Elly, del juego Xenogears, además del papel central que juega Zohar en la historia, que es también compartido en Xenogears.
El creador tanto de Xenogears como Xenosaga es Tetsuya Takahashi, que dejó Squaresoft en 1998 junto con Hirohide Sugiura.
Así, las dos facciones creen que el Zohar podría ser la llave para la destrucción del Gnosis y una senda al poder ilimitado.
En cambio, la Federación de Galaxia emplea un ciborg denominado "Ziggurat 8" para rescatar a MOMO y actuar como su guardaespaldas.
Esto es bastante inusual, ya que los androides habían sido reemplazados durante muchos años por criaturas artificiales conocidas como Realians.
Sin embargo, las Industrias Vector y su jefe de primera división R&D, Shion Uzuki, tiene otras ideas.
El teniente Virgil, Mary Godwin, Allen Ridgeley, Miyuki Itsumi, y Canaan son solo jugables por un corto espacio de tiempo; por lo tanto, ellos serán descritos en último lugar.