Entre las diferentes obras que podemos ver, encontramos temas tan diversos como la mitología vasca, la pelota, los menhires o el bombardeo de Gernika.

Su trabajo más conocido está relacionado con la ebanistería y la madera propia de la tradición agote.

En este museo la obra de Xabier Santxotena se muestra como escultura monumental en madera, acero, bronce y hormigón.

El tercer museo Santxotena se encuentra en la localidad Alavesa de Arceniega y abre en 2010.

Actualmente el museo conserva el taller donde Santxotena realiza sus obras principalmente centrada en la escultura y en la poesía.