Nacido en Philipsburg, Quebec, Bajo Canadá, Eaton fue estudiante de la National Academy of Design de Nueva York.
En 1872, se trasladó a París y estudió en la École des Beaux-Arts bajo la tutela de Jean-Léon Gérôme.
Durante esta época, conoció a Jean-François Millet en Barbizon, y recibió amplia influencia de su colega Jules Bastien-Lepage.
Tras su regreso a Estados Unidos en 1877, entró como profesor del Instituto Cooper y abrió su propio estudio en Nueva York.
Eaton murió de tuberculosis en Newport.