En este cargo se preocupó por proporcionar asistencia alimentaria a los sectores más vulnerables de la sociedad.

Para los socialdemócratas se presentaba la oportunidad de volver a entrar en el Gobierno tras casi seis años en la oposición, con el apoyo del Partido Conservador Cristiano Social.

Willy Spühler, miembro del Consejo de los Estados que ya había obtenido 60 votos en 1951, cuando fue elegido Max Weber, fue el candidato propuesto para ocupar el escaño en el Consejo Federal por Zúrich.

Volvió a ser Vicepresidente del Consejo Federal en 1967 y Presidente de la Confederación en 1968.

La primera central nuclear construida en el país fue la de Beznau, que entró en funcionamiento en 1969.

Preocupado por el desarrollo del transporte alpino, nombró una comisión de expertos en 1963.

Spühler, el primer socialdemócrata en ser nombrado Ministro de Asuntos Exteriores, inició un amplio debate debate acerca del papel que debía tener Suiza en el plano internacional (concretamente en las Naciones Unidas) y la importancia de la neutralidad.

Aunque el Consejo Federal seguía oponiéndose a la adhesión de Suiza a la ONU, Spühler encargó el informe más exhaustivo de la situación hasta la fecha, gracias al cual las reticencias suizas hacia las Naciones Unidas disminuyeron considerablemente.

Condenó enérgicamente la invasión de Checoslovaquia en 1968 durante un debate en el Consejo Nacional.