Waddington nació en Saint-Rémy-sur-Avre (Eure-et-Loir), hijo de un rico inglés, que había establecido una gran fábrica de hilado en Francia y se había naturalizado como ciudadano francés, y de su esposa francesa.

[3]​ En 1876, tras haber sido reelegido senador por el Aisne,[4]​ el primer ministro Jules Dufaure le confió nuevamente el Ministerio de Instrucción Pública.

Debido a que era protestante, no se le permitió combinar el Ministerio de Culto Público con la cartera de Instrucción Pública, como había sido la costumbre en las asignaciones ministeriales.

La cesión de Chipre al Reino Unido fue, en un principio, denunciada por la prensa francesa como una gran golpe a su reputación diplomática; sin embargo, consiguió, en una conversación con Lord Salisbury, la promesa de que el Reino Unido permitiría a cambio que Francia tuviera vía libre en Túnez.

Entonces, negó el ofrecimiento de convertirse en embajador en Londres y, en 1880 fue ponente en el comité para la adopción del scrutin de liste en las elecciones, sobre el que pronunció un fallo adverso.