Como ingeniero, estableció su reputación gracias a su larga y exitosa carrera como residente de Malaca, encargo que se le encomendó cuando pasó de los neerlandés a manos británicas.
Una tarea que le había dado el Gobierno británico fue demoler todas las estructuras dejadas por los antiguos ocupantes; voló las fortificaciones con pólvora pero dejó algunos edificios en pie, mostrando sensatez al momento de llevar adelante su tarea.
En su nuevo puesto, rápidamente se puso a limpiar la llanura en el norte y el margen oriental del río Singapur.
La comunicación con Raffles en Bencoolen y la Compañía de la India Oriental en Calcuta eran tan pobres que durante más de tres años, Singapur se desarrolló por cuenta propia, con Farquhar a la cabeza.
Su justificación era que debido a la rápida expansión de la ciudad “no se oía otra queja, más que la falta de más terrenos para poder construir ".
Sin embargo, cuando Raffles volvió, estaba muy furioso al descubrir que sus planes habían sido abandonados y que, además, ciertos vicios locales, (tales como el comercio de opio y de esclavos), estaban siendo tolerados.
Este proyecto resultó en 477 acuarelas de plantas, mamíferos, aves, reptiles, peces e insectos que se encuentran en Malaca y Singapur.
Estas pinturas desempeñaron un papel fundamental en la revelación de la biodiversidad de la región occidental para los naturalistas, y son interesantes en la mezcla lograda entre las técnicas orientales muy estilizadas y el realismo del arte occidental.