Fue además un ávido botánico; detallando y transmitiendo a los Reales Jardines Botánicos de Kew en Inglaterra, flora novedosa de Nueva Zelanda.

Escribió varios libros, y contribuyó en más de cien Arts.

Su estancia en la sociedad colonial de Nueva Zelanda y en la Sociedad Misionaria, junto a su ferviente esperanza en ser ordenado, se perdió al descubrirse que había tenido un hijo (Wiremu) con la ayudante maorí (Ripeka) de su esposa Elizabeth Fairburn Colenso.

Siguió un periodo de aislamiento, periodo durante el cual continuó su obra botánica, tomando un rol activo como político en la ciudad puerto de Napier, Nueva Zelanda.

Ninguno de sus hijos varones dejó descendencia, mientras Frances tuvo nueve.