Werner regresó a Alemania en 1924 y, dos años después, un tribunal alemán desestimó los cargos en su contra.

Werner fue ascendido a teniente en 1908 y estuvo al mando de los submarinos U-Boot durante la Primera Guerra Mundial.

[2]​ El 31 de julio de 1917, en un crucero separado, el U-55 hundió al SS Belgian Prince; su tripulación fue llevada a la cubierta del submarino, donde Werner ordenó confiscar sus cinturones salvavidas y abrigos y destruir los botes salvavidas.

[3]​[8]​ Se informó que trabajó en una plantación de café y como arquitecto en São Paulo.

[1]​[3]​ Werner se unió a los paramilitares Freikorps y, desde 1925, administró una mansión en Falkenau.

[7]​[1]​ Fue comisionado en la Schutzstaffel (SS) paramilitar del partido en 1931 y se le ordenó establecer la organización en la Alta Silesia.