Su tercera esposa, Maren Stücken, dio a luz a los hijos menores de Otto, Katharina y Alexander, en la década de 1960.

En su abanico de causas sociales, en 1969 fundó la Fundación Werner Otto, que apoya la investigación médica.

[3]​ En 1973, con más de 60 años, Otto creó en Nueva York el Paramount Group, para invertir en el sector inmobiliario estadounidense.

[4]​ En la Universidad de Harvard donó un nuevo edificio museístico, el Werner Otto Hall, para el arte del expresionismo alemán, procedente del Museo Busch-Reisinger.

[5]​ Werner Otto se casó tres veces y tuvo 5 hijos.