Al final no tuvo éxito, pero vendió las propiedades de C&S por un buen precio y ganó popularidad.

Ante el avance de las fuerzas alemanas en Europa occidental en 1940, muchos republicanos no querían nominar a un aislacionista como Thomas E. Dewey, y se decantaron por Willkie, que fue nominado en la sexta votación frente al senador de Ohio Robert A. Taft.

Ambos adoptaron posiciones más aislacionistas hacia el final de la contienda.

Tras las elecciones, Willkie realizó dos viajes al extranjero en tiempos de guerra como enviado informal de Roosevelt, y como líder nominal del Partido Republicano dio al presidente todo su apoyo.

Esto enfureció a muchos conservadores, especialmente porque Willkie abogaba cada vez más por causas liberales o internacionalistas.