Watertown se encuentra ubicada en las coordenadas 43°58′32″N 75°54′23″O / 43.97556, -75.90639.
Según la Oficina del Censo, la ciudad tiene un área total de 24 km² (9,3 mi²), de la cual 23,2 km² (9 mi²) es tierra y 0,8 km² (0,3 mi²) (3.45%) es agua.
Según la Oficina del Censo en 2000 los ingresos medios por hogar en la localidad eran de $28,429, y los ingresos medios por familia eran $36,115.
Los hombres tenían unos ingresos medios de $31,068 frente a los $21,294 para las mujeres.
La renta per cápita para la localidad era de $16,354.