Es un miembro de varios grupos: Dirty Three, Nick Cave and the Bad Seeds y Grinderman.

En enero de 1988 viajó a Europa, donde tocó como músico callejero en Grecia, Hungría, Escocia e Irlanda.

[2]​[8]​ En 1995, Ellis fue invitado a tocar en una grabación con Nick Cave and the Bad Seeds; permaneció y continúa hoy en día en la agrupación.

[2]​ En 2002, Ellis publicó untrabajo en solitario con la discográfica King Crab llamado Three Pieces for Violin.

En 2009, Nick Cave & Warren Ellis publicaron White Lunar, un álbum que incluye varias bandas sonoras.