Había estudiado secundaria y medicina en su ciudad natal e hizo el doctorado asimismo en Berlín, que finalizó en 1922.

Pagel empezó a publicar sobre patología, pero en esa época tuvo una grave enfermedad y se dedicó a estudiar historia de la medicina, con especial énfasis en Johann B. van Helmont y William Harvey, y empezó a estudiar seriamente con el famoso maestro en este campo Henry E. Sigerist.

[3]​ En el exilio, fue profesor en Cambridge y luego en Londres, y dio un programa de historia de la ciencia que fue apoyado por Joseph Needham.

Además trabajó en el Hospital Central de Middlesex (1939–1956) como patólogo.

Asimismo le dieron, por sus trabajos en patología, el premio Robert Koch, en 1982.