Allí ayudó en la excavación de Amarna (la antigua ciudad del Egipto Medio fundada por el faraón Ajenaton).
Luego se convirtió en director del trabajo de campo en Luxor y Armant.
Durante estos años como director, Emery también investigó en Saqqara varias tumbas de las primeras dinastías.
Tras los años de interrupción por la guerra y su servicio como diplomático, Emery trabajó en Sudán (Buhen, Qasr Ibrim).
Sus principales publicaciones son Great tombs of the 1st dynasty, (Grandes tumbas de la primera dinastía, en tres volúmenes), en 1949-58; Archaic Egypt (Egipto Arcaico), en 1961, y Egypt in Nubia (Egipto en Nubia), en 1965.