El invierno es lo suficientemente frío como para no caer en un clima "Cfb" y los veranos aunque muy suaves para el típico clima "b" son lo suficientemente cálidos como para caer en un "Dfc", ambos en la clasificación de Koppen.

[6]​ Wakkanai tiene el clima continental húmedo típico de Hokkaido, con inviernos fríos, veranos cálidos y precipitaciones dispersas durante el año.

[7]​ JR Hokkaido gestiona servicios de trenes diésel en la línea principal Sōya desde Wakkanai hasta Nayoro, Asahikawa y Sapporo.

El expreso limitado Sōya circula una vez al día hacia y desde Sapporo, mientras que el Sarobetsu circula dos veces al día hacia y desde Asahikawa, siendo necesario cambiar de tren a un servicio expreso limitado Lilac o Kamui en Asahikawa para llegar a Sapporo.

El ferry Chihaku había conectado Wakkanai, en Hokkaido, y Odomari, en Sajalín, hasta que dejó de funcionar en 1945.