[1]​[2]​ El vuelo 901 despegó en un vuelo nocturno desde el Aeropuerto Internacional La Aurora en la Ciudad de Guatemala, hacia el Aeropuerto Internacional de El Salvador en San Salvador, Había 58 pasajeros y 7 tripulantes a bordo.

El controlador les informó que había una tormenta con fuertes lluvias sobre el aeropuerto y les indicó que sobrevolaran la tormenta e iniciaran la aproximación a favor del viento para aterrizar en la Pista 07.

Cuando inició su aproximación, la aeronave entró en el mismo mal tiempo que había sobrevolado.

A las 20:14 hora local, el vuelo 901 se estrelló contra la ladera del Volcán de San Vicente y estalló en llamas.

ATC: Vuelo A901 hay fuertes tormentas en la aproximación a la pista 07, ¿Desea continuar con su rumbo?