En 2001 la Asamblea Legislativa de El Salvador abrió la autoridad.
[2] Las autoridades de Honduras delegan la investigación del accidente del Vuelo 390 de TACA a la AAC de El Salvador según el Convenio sobre Aviación Civil Internacional.
Posteriormente en 1962 dicho departamento pasa a ser la Dirección General de Aeronáutica Civil (DGAC).
Desde entonces en Ilopango comienzan a operar solo aeronaves militares y pocos vuelos particulares.
[2] Desde 2005 la ACA se ha reestructurado para mejorar su personal técnico y ampliar la cobertura de sus servicios, adecuándose al Convenio sobre Aviación Civil Internacional de la Organización de Aviación Civil Internacional (OACI).